「Get a DocumentReference for the document within the collection at the specified path. If no path is specified, an automatically-generated unique ID will be used for the returned DocumentReference.」とのことで、下記のようにdocに引数渡さなければ良い
db.collection('hoge').doc().id
上記を用いれば下記のようにbatchで自動生成された共通のユニークidを使用して書き込める
const db = firebase.firestore()
const batch = db.batch()
const hogeId = db.collection('hoge').doc().id
batch.set(db.collection('hoge').doc(hogeId), values)
batch.set(
db
.collection('fuga')
.doc('piyopiyo')
.collection('hoge')
.doc(hogeId),
values)