Android StudioのプロジェクトをGitHub管理するぜと思っても、流石に全て公開するのは気がひける。
それに個人設定を見られて有益なことなさそうですし。邪魔だし。

色々考えた結果、私は.gitignoreを以下の設定にしています。

*.iml
.gradle
/local.properties
/.idea
.DS_Store
/build
/captures
*.apk

Android Studio 上でGitの設定を行えば自動である程度は作成されます。
別にそれで十分とは思いますが、.ideaは全部消してもある程度自動で復活するので
無視リストに追加しました。すっきり。

ただしそうすると、他端末でcloneする際にlocal.propertiesがありません作れませんと怒られたので、local.propertiesは自分で追加してください。

適当に新規プロジェクト作成して、そこからlocal.propertiesを拝借すれば問題ありません。