TestアクションのようなメソッドがJson形式で結果を返す場合にはViewBagにデータを詰めても値がセットされていなかった。下記のような疑似コードで、どうやって値を返すべきか悩んだのでメモ書き。

    public ActionResult Test()
    {
        var ret = GetAll();
        if( ret == 0 ) {
            ViewBag.Message = "データなし";
            return this.Json(null , JsonRequestBehavior.AllowGet);
        } 
        return this.Json(ret, JsonRequestBehavior.AllowGet);
    }

 $.ajax({
    type: 'get',
    url: '↑のアクション'
  })
  .done(function(data) {
     ViewBag.Messageがあればエラーをだす。
  });

結局のところViewメソッドの呼び出しがないので、cshtmlでは画面描画更新が走っていないはず。つまりViewBagで参照しようとしてもデータが設定されていない。

Json形式で返すなら、全部Jsonで返すのが手っ取り早いみたい。
結局、こんな感じに変更した。
※Jsonメソッドに渡す際に、匿名クラスで実装して、プロパティを増やす方法。

    public ActionResult Test()
    {
        var ret = GetAll();
        if( ret == 0 ) {
            return this.Json(new{ message="データなし", data = "" } , JsonRequestBehavior.AllowGet);
        } 
            return this.Json(new{ message="", data = ret } , JsonRequestBehavior.AllowGet);
    }

 $.ajax({
    type: 'get',
    url: '↑のアクション'
  })
  .done(function(data) {
     if(data.message !== "") {
        alert(data.message); // ここでサーバでメッセージを出す。
        retrun false;
     }
     var resData = data.data; // もともと返していたJson形式のデータ
     ～省略～
  });

参考サイト
http://stackoverflow.com/questions/12642143/mvc-use-c-sharp-to-fill-viewbag-with-json-action-result