Windows 10 Fall Creators Update がリリースされ WSL (Windows Subsystem for Linux)が正式に使えるようになりました。
GUI(X Window System)とサービス常駐で工夫が必要な点を除けば、一般的な Linux 環境と同じように使えるのですが、意外に困るのが PATH 問題です。初期状態では、Windows の PATH 環境変数が自動的に変換され Linux 側の PATH 環境変数に追加されるようになっています。
Windows のコマンドも呼び出せるので便利といえば便利なのですが、Windows/Linux に両対応しているツールでは、bat ファイルと拡張子なしのシェルスクリプトファイルの両方が置かれているため Linux 側のプログラムを呼ぶつもりが Windows 側にインストールしたプログラムを実行してしまうことがあり、逆に面倒に感じることも多いです。
解決策としては単に .profile にて PATH を再定義してしまうというのも手なのですが、レジストリを変更することでそもそも Windows PATH を追加させないことができたので紹介しておきます。
次のテキストを .reg 拡張子のファイルに保存して実行してください（レジストリを変更しますので、気になる方はバックアップの取得を先に行ってください）。
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\LxssManager]
"DistributionFlags"=dword:fffffffd
ウィンドウを閉じ、再度立ち上げると Windows PATH が追加されない状態になります。
参考： Microsoft/BashOnWindows - bash $PATH includes native Windows path