TL;DR
Ctlr+Shift+U（macはShift+Cmd+U）を押して、出力ペインからGitを選択して表示されているsafe.directory設定を行うんだ…！
git config --global --add safe.directory c:/git_repos/repo_dir
想定している状態
PCをクリーンインストールまたは新しく買ってきた場合、ホームディレクトリ内に.gitconfigファイルがなく、VS CodeのGit自動実行時にカレントディレクトリがセーフディレクトリ指定されていないことがあります。
VS Codeで.gitディレクトリが含まれるディレクトリを開いてもリポジトリがあると認識してもらえません。
このとき、VS Codeの出力ペインのGitの出力を見ると、次のような出力が確認できます。
[2022-09-07T22:49:11.156Z] fatal: detected dubious ownership in repository at 'C:/git_repos/repo_dir'
To add an exception for this directory, call:
git config --global --add safe.directory C:/git_repos/repo_dir
対処法
素直に出力に表示されているコマンドを実行します。その後、VS Codeを閉じて起動し直すとセーフディレクトリ設定が反映され、リポジトリとして認識されます。
git config --global --add safe.directory C:/git_repos/repo_dir
設定の確認
ホームディレクトリにある.gitconfigに、セーフディレクトリ登録したリストが表示されているのでそれを目視できます。
~/.gitconfig
[user]
name = your_user_name # git config --global user.name で表示されるもの
email = 12345678+your_user_name@users.noreply.github.com # git config --global user.email で表示されるもの
[safe]
directory = C:/git_repos/repo_dir # さっきのコマンドで登録したもの
directory = ... # 登録した数だけ列挙される
ちなみに、コマンドを実行しなくてもこの~/.gitconfigの[safe]以下をエディタで編集してもセーフディレクトリ設定は有効になります。