SITE.example.jp:80にアクセスすると、時々SITE2側のCGIが動作する(?)。
<VirtualHost 192.168.1.1:80>
DocumentRoot /SITE/htdocs
ServerName SITE.example.jp
</VirtualHost>
<VirtualHost 192.168.1.1:80>
DocumentRoot /SITE2/htdocs
ServerName SITE2.example.jp
</VirtualHost>
<VirtualHost 192.168.1.1:443>
DocumentRoot /SITE2/htdocs
ServerName SITE.example.jp #←SITE2.example.jpの間違い
</VirtualHost>
下から2行目をSITE2に修正したら変な挙動が直った。
まだ良くわかってないので時間あったら検証。