【R】多重比較（TukeyHSD）

※統計・Rどちらも初心者なので、間違いなどあれば指摘をお願いします。

#Rを使用して多重比較を行う

多重比較を行いたいときの方法。
複数の群をそれぞれ比較して、アルファベットをつける。

##環境

• Mac Book Air (Mavericks 10.9.5)
• R (version 3.2.3)

##手順

1. パッケージmultcompのインストール
2. データの読み込み
3. ANOVA検定で分散を確認
4. TukeyHSD

##スクリプト

TukeyHSD

#パッケージの読み込み
library("multcomp", lib.loc="/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")

#データの読み込み
data <- read.csv("~/Documents/data.csv", header=TRUE)
#行に名前をつける（csvファイルの列名でも問題ない場合は省略可）
data2 <- data.frame(ch=data$地点,solid=data$固体,liquid=data$液体,gas=data$気体)

#ANOVA検定で分散を確認
##aov(比較したい項目~群の名前, data=データフレーム名）
aov <- aov(solid~ch, data=data2)
#検定の結果を出力
anova(aov)

#Tukey検定を実施
result <- glht(aov, linfct = mcp(ch = "Tukey"))
cld(taju29, level = 0.05)

##結果の見方

filename

##ANOA検定の結果
> anova(aov)
Analysis of Variance Table

Response: soild
          Df  Sum Sq Mean Sq F value    Pr(>F)    
ch        13 1008.08  77.545  42.297 4.832e-16 ***
Residuals 31   56.83   1.833                      
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
#帰無仮説: 分散に差があり、その差は誤差に比べて有意である
#"***"と表示されているので、帰無仮説が採択され、今回の測定値の平均値には差があるといえる
#よって、多重比較を行うことは適当である

##多重比較の結果
地点1   地点2  地点3  地点4     地点5   地点6   地点7  地点8   地点9  地点10 地点11   地点12   地点13 地点14 
 "bce"   "ce"    "f"    "f"   "de"   "ab"    "e"   "ac"  "ace"   "ce"    "a"    "e"    "e"  "acd" 

※2016/03/01 編集済み（指摘ありがとうございます）

##参考
統計ソフト「R」を用いて多重比較し、アルファベットを付ける方法