※統計・Rどちらも初心者なので、間違いなどあれば指摘をお願いします。
Rを使用して多重比較を行う
多重比較を行いたいときの方法。
複数の群をそれぞれ比較して、アルファベットをつける。
環境
- Mac Book Air (Mavericks 10.9.5)
- R (version 3.2.3)
手順
- パッケージmultcompのインストール
- データの読み込み
- ANOVA検定で分散を確認
- TukeyHSD
スクリプト
TukeyHSD
#パッケージの読み込み
library("multcomp", lib.loc="/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")
#データの読み込み
data <- read.csv("~/Documents/data.csv", header=TRUE)
#行に名前をつける(csvファイルの列名でも問題ない場合は省略可)
data2 <- data.frame(ch=data$地点,solid=data$固体,liquid=data$液体,gas=data$気体)
#ANOVA検定で分散を確認
##aov(比較したい項目~群の名前, data=データフレーム名)
aov <- aov(solid~ch, data=data2)
#検定の結果を出力
anova(aov)
#Tukey検定を実施
result <- glht(aov, linfct = mcp(ch = "Tukey"))
cld(taju29, level = 0.05)
結果の見方
filename
##ANOA検定の結果
> anova(aov)
Analysis of Variance Table
Response: soild
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
ch 13 1008.08 77.545 42.297 4.832e-16 ***
Residuals 31 56.83 1.833
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
#帰無仮説: 分散に差があり、その差は誤差に比べて有意である
#"***"と表示されているので、帰無仮説が採択され、今回の測定値の平均値には差があるといえる
#よって、多重比較を行うことは適当である
##多重比較の結果
地点1 地点2 地点3 地点4 地点5 地点6 地点7 地点8 地点9 地点10 地点11 地点12 地点13 地点14
"bce" "ce" "f" "f" "de" "ab" "e" "ac" "ace" "ce" "a" "e" "e" "acd"
※2016/03/01 編集済み(指摘ありがとうございます)