GeoJSON からベクトルタイルに変換する Node.js プログラムである geojson2mvt の issues に、巨大な GeoJSON からの変換についての議論がありました。
この issue では、geojson2mvt ではなくて tippecanoe と mbutil を使えば良いという話になり、具体的な方法も紹介されています。オープンソースらしい素晴らしい情報共有ですね。
ところで、ベクトルタイルをファイルシステムに展開せず、mbtiles からサーブする方が良い、という場合には、tippecanoe で mbtiles を作った上で、tile-block や tileserver-gl-lightを使えば良いですね。