状況
この記事と同じ状況で、pumaを5.6.5に上げてbundle installをしたらエラーが出てinstallに失敗してしまった。
xcode CommandLineTools(CLT) がインストールされてるか確認してみたが、
$ xcode-select --install
xcode-select: error: command line tools are already installed, use "Software Update" to install updates
と、すでにインストールされていた。
解決した方法
xcodeを開く。
以上。
xcodeを開くと自動でアップデートが走って直りました。