どちらもそれほどよくわかっていません。
とりあえず動くところまで持っていくのが大変でした。
sourcemapとかは全然考慮していません。
もっといい方法があれば教えてください。

方針

TypeScriptでもnpm使いたい。
TypeScriptのimport, exportの挙動が今ひとつしっくりこなかったし、babelに乗り換えるかもしれないのでES6 modulesを使う。
基本的にTypeScriptは型チェックだけをやっててほしい。
いきなりtsifyを使ってハマるのは避けたく、まずはCLIから直で叩く。
TypeScript 1.5 alpha前提

やったこと

reference pathとimportは両方書く

/// <reference path="./lib/student" />
/// <reference path="../typings/vue/vue.d.ts" />

import Student from "./lib/student";
import Vue = require("vue");

コンパイラのエラーを消すのに、reference pathは必須みたい。
requireするパッケージに関しては、dtsmを使ってd.tsを入れておく。

classはexport default

こうしないとロードできなかった。
defaultじゃなくてもいい方法ないかなぁ。

export default class Student{
  //
}

TypeScriptの出力は、browserifyに食わせやすい形で出す

例えば、tscのオプションは下記のように。

tsc src/main.ts --noImplicitAny --module commonjs --outDir build

--module commonjsしておくと、ES6のimport文をrequireの形に変換してくれる。
そうすれば、browserifyが解決してくれる。

また、--outDirを指定しているのは、ソースディレクトリを汚したくなかったのと、
browserifyに依存関係を解決させるため。
（tscにconcatさせる--outオプションも試したが、なぜか出力が空になってしまった。）

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