pystan ライブラリがない？？？

書籍『AI・データ分析モデルのレシピ』は Python 上で動く各種機械学習モデルについてサンプルデータを用いながら解説している。
第3章で pystan を用いた重回帰分析を行っているが、公式サイトが提供しているJupyterファイルを Google Colab 上で動かしても pystan が見つからないとエラーになってしまう。

公式サイトの正誤表には何ら記載が無く、サポートも期待できない（初版2021年6月であり、3年半もサポートすることは難しいか）。

ということで、ネットの情報をもとにコードを修正して動かせないか試すことにした。

ライブラリ名は stan に変更、エラー回避も必要

まずライブラリが見つからない件は、ライブラリ名の変更が理由だとわかった。

インストールするモジュールは pystan であるが、 import するライブラリ名は stan に変わってしまった。
（ちなみに pystan は Google Colab に最初からインストールされなくなったようなので、 !pip install pystan で手動インストールが必要である。）

関数も変わっており、 pystan.stan を stan.stan に変更しても動かない。

pystan Getting Start を参考に

fit = pystan.stan(model_code=model, data=dat, seed=12345)

をいったん

fit = stan.build(model, data=dat, random_seed=12345)

に修正する。

しかし、

asyncio.run() でエラーが発生してしまうので、

を参考に

import nest_asyncio
nest_asyncio.apply()

を付け加える。

stan 関数→build + sample

これでエラーは発生しないように見えるが、それ以降の arviz によるサンプリング結果の可視化が全く動かない。

さらにネットの情報を探すと、以下のページが見つかった。

このページのソースコードによると、モデルの実行は

sm = stan.build(model, data=dat, random_seed=12345)
fit = sm.sample()

というように、モデル作成とサンプリングの2つに分けてやらないといけないようだ（おそらく前者はpystan.stanModel関数に相当するのだろう）。

要約統計量の出力も print だけではダメ

これで arviz によるサンプリングの可視化はできるようになった。

が、今度は最後の各種統計量が表示されない。

「Stan (PyStan 3) 事始め」のページを再度参照し、 arviz を使って

print(fit)

を

i_data = arviz.from_pystan(posterior = fit, posterior_model = sm)
smry = arviz.summary(i_data)
print('Summary =\n',smry)

に変更。

これで無事統計量も表示できた。

なお、表示される要素が print(fit) の結果（以下参照）と若干異なるため、同一の要素を表示したい場合は arviz のドキュメントを参照する等、さらに調べる必要がある。