以下、Windowsの特定のMayaバージョンだけに関連する話です。Macや最近のバージョンのMayaではでくわしたことがありません。
そんな馬鹿な！？
上記のようにprint命令自体がエラーになるいう謎現象にあった場合、システム環境変数に MAYA_NO_CONSOLE_WINDOW が設定されていないか確認しましょう。
これはコンソールウィンドウを表示しなくするために設定する環境変数です。
https://support.borndigital.co.jp/hc/ja/articles/360002474194-Maya-%E3%81%AE-Output-Window-%E3%82%92%E9%9D%9E%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%AB%E3%81%99%E3%82%8B
MAYA_NO_CONSOLE_WINDOWが設定されているとMaya2017 Update 5など（正確な対象バージョンはわかりませんが）一部の環境でprint文が通らなくなります。自分が試した限り、設定数値が１ではなく０であってもダメでした。
printが通らない状況というのは、stdout 設定がおかしくなっているときのようで、コンソールウィンドウを表示しない事で割り当てがなくなってしまうのでしょうね。
一応、下記のコード実行でFIXできますが、他何かおかしくなってるかもしれないので、MAYA_NO_CONSOLE_WINDOW 定義をなくすほうが良さそうです。
# https://stackoverflow.com/questions/43633433/maya-python-ioerror-errno-9-bad-file-descriptor
import maya.utils as utils
sys.stdout = utils.Output()
特定の環境だけ不具合が起こるというのがいやらしいです。
