他のツールでやれって話なんですが、前回サブスペ(サブスタンスペインターを勝手にこう呼んでる)上で簡易的にIDマップ作成する記事( http://qiita.com/harayoki/items/e62a80136221de9ccc91 )を書いた際に、ZbrushでもポリグループからIDマップ作る解説をどこか海外のサイトで読んだ気がする、って書いたので思い出しながら実際にやってみた奴です。元記事はどこにあったかわからないので自己流入ってます。
結論できたんですが、ちょっと面倒なところがあるんで、まあメモ程度で。
手順






注意点
一旦サブツールに分割して、再度マージした理由ですが、同一メッシュの中に異なるポリグループがあるとテクスチャを生成した際に色の滲みができてしまうからです。ポリグループ=頂点カラーなので、まあそうなりますね。

別にサブツール分割じゃなくても良いですが、メッシュがポリグループごとに分かれている状態ができれば良いわけです。この辺りが手順が面倒と言った所以です。
一発でIDマップ書き出せるプラグインやら機能やらは存在しないものかな。