(この記事は、Windows 10 / Substance Painter 2019.2.0 の環境で検証されています。)
Substance Painter でカスタムシェーダー( glsl ) を作る場合、配置場所は
C:\Users\Username\Documents\Allegorithmic\Substance Painter\shelf\shaders
のような場所となりますが、ここに置いた glsl ファイルを編集更新した際に、Substance Painter にそれを認識させるには、Substance Painter を再起動する必要があります。glsl ファイルを別名保存すれば編集済みの内容が新しいシェーダーとして認識させられますが、どちらにしろ面倒か煩わしいです。これを回避する方法が公式のフォーラムのやりとりにありましたので、日本語で記しておきます。
事前準備
まず、前述の Documents 以下の shaders フォルダ以外の場所で、glsl ファイルを作成します。（本当はそうでなくでもよいのですが、その方が分かりやすいです。）
シェーダー開発用のプロジェクトを適当に作成し保存します。適当なメッシュがなければ perview sphere など、サンプルファイルを別名保存しましょう。
そのファイルをペインターのシェルフにドラッグ＆ドロップします。
この際に、読込先は必ずプロジェクトを対象にします。ここが重要です。
4.(確認のため）読み込んだシェーダーを実際に適当します。
編集作業
1.適当にglslファイルを編集更新します。
2.シェルフの先ほど読み込んだシェーダーを右クリックすると ”再ロード” のような項目があるのでこれを選択します。
3.シェーダーが更新されます。
編集終了
完成した glsl ファイルを正式な保存場所にコピーしましょう。
以上です。
読み込み対象をプロジェクトにしない場合、再ロードメニューが表示されないので、注意しましょう。
おまけ
プラグインの開発の場合は Plugin メニューからリロードするだけでファイルの更新が適用されます。プラグイン名を変えるには Substance Painter の再起動が必要でした。