はじめに

JavaにおいてProcessbuilderだとかRuntimeでプロセスを作ってあげると、Linux上の挙動とは必ずしも同一でない振る舞いをすることがあります。
一時的に「bashスクリプト(シェルスクリプト)」をつくってあげて、それを実行してあげると、望み通りの挙動になるかもしれません。

コード


public void executeCommands() throws IOException {

//一時ファイル作成
    File tempScript = createTempScript();

    try {
        //スクリプト実行
        ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder("bash", tempScript.toString());

       //エラー出力
       try (BufferedReader buffer = new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getErrorStream()))) {
               System.out.println(buffer.lines().collect(Collectors.joining("\n")));
       }

      //標準出力
      try (BufferedReader buffer = new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getInputStream()))) {
               System.out.println(buffer.lines().collect(Collectors.joining("\n")));
       }
        Process process = pb.start();
        process.waitFor();
    } finally {
        //一時ファイル削除
        tempScript.delete();
    }
}

public File createTempScript() throws IOException {
    //一時ファイル作成
    File tempScript = File.createTempFile("script", null);

    Writer streamWriter = new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(
            tempScript));
    PrintWriter printWriter = new PrintWriter(streamWriter);

    //スクリプトを書いていく。
    printWriter.println("#!/bin/bash");
    printWriter.println("cd bin");
    printWriter.println("ls");

　　//書き込み終了
    printWriter.close();

    return tempScript;
}

参考（これのパクリ）