jQuery
Prototype.js

prototipe.jsとjQueryを同時に使う。

概要

prototipe.jsとjQueryを同時に使おうとすると、
競合のようなものが起き、正常に動作しない場合があります。

内容

まず、呼び出し順はprototype.jsを先にします。

<script src="prototype.js"></script>
<script src="jquery.js"></script>

そして競合というのは、コード内の"$"が競合してエラーが出ます。
なので、jQuery側の"$"を"jQuery"に置き換えます。

$(function(){

});

これを

jQuery(function(){

});

このようにします。
こんなんで動くんですね。笑

補足

これで動かない場合は、
jsの読み込みを全ページ共通ではなく使用するページのみにすると上手くいくかもしれません。