samtools のエラー: libcrypto.3.dylib

conda でいれたsamtoolsのエラー対処

• 新しい環境でsamtoolsを入れたときにしばしば起こっていたが、毎回対処を忘れるので備忘録。
• 今回はpython2.7の環境で古いsamtools（1.3.1）を入れる必要があった際に起こった。(macOS 10.15.7, miniconda3-4.7.12, mamba 0.1.0, conda 4.8.3)

最近直面したエラー

• libcrypto.3.dylibがないというエラー

  dyld: Library not loaded: @rpath/libcrypto.3.dylib
  

  • libcrypto.3.dylib はopenssl3のライブラリだが、mambaを使っている場合は依存の関係でopenssl３が入れられなかった
  • Anacondaからopenssl3の配布ファイルをダウンロードして解凍
    https://anaconda.org/conda-forge/openssl/files
  • lib/内にあるlibcrypto.3.dylibを該当するenvのminiconda/envs/env_name/lib/にコピーすると動くようになった。

参考サイト

• https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2021/09/23/191658

以前あったエラー

• libcrpto.1.0.0がないというエラーはこちらのページの方法で対応できる
  https://qiita.com/kohei-108/items/9129ad953b0906e115a6
  • 該当するenvのminiconda/envs/env_name/lib/にlibcrpto.1.0.0の名前でlibcrpto.1.1.1のシンボリックリンクをつくる