CWLで出力ファイル名を指定する

class: CommandLineTool
cwlVersion: v1.0
$namespaces:
  edam: 'http://edamontology.org/'
baseCommand: fastqc
inputs:
  - id: fastq
    type: File
    format: edam:format_1930
    inputBinding:
      position: 2
    doc: FastQ file from next-generation sequencers
outputs:
  - id: qc
    type: File
    outputBinding:
      glob: $(inputs.fastq.nameroot)_fastqc.html
label: fastqc
arguments:
  - position: 1
    prefix: -o
    valueFrom: .
hints:
  - class: DockerRequirement
    dockerPull: 'maxulysse/fastqc:latest'

こんな感じで指定できる。

CWLでは '*' を使って出力ファイルを指定できる

    outputBinding:
      glob: $(inputs.fastq.nameroot)_fastqc.html

この部分を、こう書くこともできる。

    outputBinding:
      glob: $(inputs.fastq.nameroot)*_fastqc.html

CWLで '*' を使って困ったこと

    outputBinding:
      glob: *_fastqc.html

こう書くと、怒られる。

../cwltool/cwltool.py 1.0.20181201184214
Resolved 'fastqc.cwl' to 'file:///Users/hachiya/Projects/cwl/test/fastqc.cwl'
I'm sorry, I couldn't load this CWL file, try again with --debug for more information.
The error was: found undefined alias '_fastqc.html'
  in "file:///Users/hachiya/Projects/cwl/test/fastqc.cwl", line 17, column 13

先頭で '*' を使う場合は、ダブルクォーテーションで挟むとよい。

    outputBinding:
      glob: "*_fastqc.html"

これで動いた！