Visual Studio 2015のUpdate2がリリースされたのでアップデートしてみたところ、Intellisenseのデータベースファイルの形式が変わっていました。
Update1までは、「*.sdf」というファイル拡張子だったのが、「*.VC.DB」に変わっていて、おや？と思ってファイルの中を覗くと、先頭が「SQLite format 3」の文字列になっていました。
SQLIte3のツールでファイルを開くと問題なく開けました。
Intellisenseは、色々と変遷を辿っていて、VS2015でだいぶマシにはなったんだけど、うまく行かなくなることが多々あって、何とかならないかと思っていたところ。
これで、起動や候補表示など速くなってくれるのかな？