当たり前のことかもしれないけど、gitにもRailsにもなれてない自分は以下のエラーで困ったのでメモ。
Git error: command `git clone 'git@hogehoge:huga.git' …
Gemfileは以下でOK
Gemfile
gem 'huga',:git => 'git@hogehoge:huga.git'
capistranoでデプロイするユーザーの公開鍵をGitLabの該当レポジトリに登録しておき、以下のようにデプロイ先の環境でknown_hostsの生成問い合わせをすませておけばデプロイ中に止まらなくなります。
$ ssh -T git@hostname
※コメントでご指摘通り、接続確認だけなので、sshでの確認に修正しました。