言語仕様を意識せずになんとなく書いていたところがあるのですが、確認してみました。
結論から述べると、

inはプロトタイプチェーンをたどって走査する
hasOwnPropertyはプロトタイプチェーンをたどらない

となります。

確認に使ったコードは下記です。
toStringはObjectが保有するプロパティ。
→https://developer.mozilla.org/ja/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/Object/toString

property.js

// プロトタイプチェーンの確認
const myObject = {
  foo: 'prop1',
  bar: ['a', 'b', 'c'],
};

/*
  hasOwnPropertyは、対象のオブジェクトが持っているプロパティを判定する。
  プロトタイプチェーンを走査しない。
*/
console.log('[hasOwnProperty]');
console.log('foo: ', myObject.hasOwnProperty('foo')); // true
console.log('toString: ', myObject.hasOwnProperty('toString')); // false

/*
  inは、プロトタイプチェーンまで走査してプロパティの有無を判定する
*/
console.log('[in]');
console.log('foo: ', ('foo' in myObject));  // true
console.log('toString: ', ('toString' in myObject));  // true