どのような問題か？

composer install
composer create-project

などを実行する際に、「Failed to open stream: No such file or directory」「class not found」「Plugin initialization failed」などのエラーが発生し、正常に完了しない。

結論

If you experience failed to open stream: No such file or directory or Plugin initialization failed or class not found type of issue, and are using VirtualBox / Vagrant, this is caused by the VirtualBox filesystem being buggy and not allowing access to the files right after they have been written (https://www.virtualbox.org/ticket/8761).

（意訳）あんたが「failed to open stream: No such file or directory」とか「Plugin initialization failed」とか「class not found」的なエラーに遭遇してて、しかもVirtualBox / Vagrant 環境を使ってるなら、VirtualBoxのファイルシステムのバグが原因かもやで。なんか、ファイル書き込んだ直後にアクセスできないんよ、このバグチケ見てな https://www.virtualbox.org/ticket/8761

※ググり方の問題なのか、日本語の情報が全然出てこなかった。

対応方法

unzipした直後に解凍したファイルにアクセスできないが、ちょっと遅らせれば大丈夫、ということのようです（なんじゃそりゃ・・・）具体的には、

/usr/local/bin/unzip を作成
内容を以下のような内容に編集

#!/bin/sh

/usr/bin/unzip "$@"
sleep 0.2

するとうまく行きます。

詳細は、前掲のissue上の下記のコメントを参照してください。
https://github.com/composer/composer/issues/9627#issuecomment-778420647

また、使ってるLinuxディストリビューションや環境によっても若干変わってきそうですが、私の環境では
https://github.com/composer/composer/issues/9627#issuecomment-780471799
こっちで成功しました。

現象（例）

composer install する時にcomposer plugin がどーのこーの、とwarning が出る（これ自体は直接関係ない）

 composer/package-versions-deprecated contains a Composer plugin which is currently not in your allow-plugins config. See https://getcomposer.org/allow-plugins
Do you trust "composer/package-versions-deprecated" to execute code and wish to enable it now? (writes "allow-plugins" to composer.json) [y,n,d,?] y

上記の警告に対して y を選択して続行するが、file not found などと言われてcomposer pluginのインストールがskipされてしまう。（これも直接は関係ない）

Skipped installation of bin bin/composer-require-checker for package maglnet/composer-require-checker: file not found in package

おかしいなー、と思ってvendor以下とcomposer.lockを削除し、composer.jsonの内容でinstallし直すとエラーが発生する（本件に起因する問題）

composer.json

{
    "require": {
        "maglnet/composer-require-checker": "*" ,
        "php-parallel-lint/php-parallel-lint": "*",
        "phpmd/phpmd": "*",
        "phpmetrics/phpmetrics": "*",
        "phpunit/phpcov": "*",
        "phpunit/phpunit": "*",
        "rarst/phpcs-cognitive-complexity": "*",
        "squizlabs/php_codesniffer": "*",
        "vimeo/psalm": "*",
        "dealerdirect/phpcodesniffer-composer-installer": "*"
    },
    "config": {
        "allow-plugins": {
            "composer/package-versions-deprecated": true,
            "dealerdirect/phpcodesniffer-composer-installer": true
        }
    }
}

発生するエラーはこんな感じ。

(中略)
Install of composer/package-versions-deprecated failed

[ErrorException]
include(/var/opt/php/qa/vendor/composer/package-versions-deprecated/src/PackageVersions/Installer.php): Failed to open stream: No such file or directory

上記とは別に、 composer create-project でwordpress環境を構築しようとするとエラーが発生する。（本件に起因する問題）

# 問題が発生するコマンド
composer create-project roots/bedrock ./

(中略)
Executing async command (CWD): '/usr/bin/unzip' -qq '/var/www/html/vendor/composer/tmp-a9780c22e270ec24d1a7f2c06fd63327' -d '/var/www/html/vendor/composer/6e61d5aa'
Executing async command (CWD): rm -rf '/var/www/html/vendor/composer/6e61d5aa'
Plugin initialization failed (include(/var/www/html/vendor/composer/installers/src/Composer/Installers/Plugin.php): Failed to open stream: No such file or directory), uninstalling plugin
  - Removing composer/installers (v2.0.1)
Executing async command (CWD): rm -rf '/var/www/html/vendor/composer/installers'
    Install of composer/installers failed
Downloading https://packagist.org/downloads/
[201] https://packagist.org/downloads/
Reading ./composer.json (/var/www/html/composer.json)
Loading config file ./composer.json (/var/www/html/composer.json)
Failed to initialize global composer: Composer could not find the config file: /root/.composer/composer.json



  [ErrorException]
  include(/var/www/html/vendor/composer/installers/src/Composer/Installers/Plugin.php): Failed to open stream: No such file or directory