gnuplot のラベル機能って貧弱。大量にグラフを生成する場合には役に立つが、細かい微調整はひたすら面倒くさい。
出力がpdfやsvgなら、inkscapeで直接編集できるのでよい。半透明の微調整なども楽に出来る。
[例の図を挿入]
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