デフォルトでは下の画像の左側のようになり、見づらいので右のようにします。
Dark Reader の開発者ツールでテーマエディタを開きます。
テーマエディタの設定の詳細は https://github.com/darkreader/darkreader/blob/main/CONTRIBUTING.md#how-to-use-the-dev-tools にあります。
*セクション(すべてのサイトが対象)の CSS ルールに次の設定を加えます。
div[id^="____MOUSE_DICTIONARY"] {
background-color:black !important;
}
つまり、すべてのサイトで Mouse Dictionary のウィンドウだけ背景を黒くします。