rbenvは$SHELLをみて挙動をかえるので、$SHELLがおかしいとうまくいきません。rbenv init - zsh のようにシェル名を明示するとうごきます。export SHELL=/path/to/zshでもいいかも。
なぜchshでzshを使うようにしても$SHELLがbashのままのことがあるのかは未調査です。
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