JebBrains系IDEに乗っているVCS機能では、何れかのファイルに変更が加えられていないとcommitができないので、
コミットメッセージのみを変更したい場合はRebaseを使わないといけない。
PyCharmの場合は、下記のような手順で行う(他のIDEもほぼ同じ)
- メニューからVCS -> Git -> Rebase...を選択
- Rebase branchウィンドウが開くので、そのままRebaseボタンをクリック




ちなみに、直前のコミットのメッセージ変更くらいならコンソール開いてgit commit --amend
した方が手っ取り早いです。