はじめに
類似菌のゲノム特性の差を知るためにNucDiffを使うことにしたわけだが、Python2で動くNucdiffはPython3にアップデートした自分のPCでは利用できない。実際やってみたが、multiprocessingという過程でエラーが起き、できないことを確認した。そこで、今回はcondaに仮想環境でPython2を入れて、Python3とは別環境で動作できる状態にしようと思う。
やり方
仮想環境とはなんぞやという話についてはここに詳しく記載されているので、読めばざっくりわかる。また、Python2を導入する方法については、このサイトを参考にした。今回の戦略としては、Python2でできた仮想環境にNucDiffを入れることなので、まずはPython2の仮想環境を作る。
conda create -n py2 python=2.7 anaconda
これでpy2という仮想環境ができたので、読み込む。
conda activate py2
すると、activate中のみPython2.7が利用されるという状態になる。この仮想環境内にNucDiffを入れれば、普通に使えるようになるわけである。
conda install -c bioconda nucdiff
使い方は以下サイトから。
http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/09/13/165625