FreeSurferのインストール（6系と7系共存）

はじめに

神経画像解析用ツールのFreeSurferをインストールしました。公式に丁寧なドキュメントがありますが、記録しておきます。2021年11月現在、HCP pipelinesの関係で6系を使っていますが、7系にも切り替えられるように準備をしておきます。7系からはdebパッケージが用意され、インストールしやすくなりました。

環境

• Dell Optiplex 5060 SFF (2019), core i5 8400, M.2 256GB SSD, 32GB RAM
• Lubuntu 18.04

ライセンスキーの取得

FreeSurferを動作させるにはライセンスキーが必要です。
必要事項を記入の上、ライセンスキー（license.txt）を取得してください。

FreeSurfer 6.0のインストール

• 前準備
• curlと関連するライブラリをインストールしておきます。
• curlはwgetでもいいですので、オプションです。
• VIMはvim-commonですが、クリップボードを使うのであれば、vim-gnomeの方がいいと思います。
• libjpeg62に加え、libpng12も必要という情報がありましたのでこれは別途インストールしました。

sudo apt install -y curl bc binutils libgomp1 perl psmisc sudo tar tcsh unzip uuid-dev vim-common libjpeg62-dev

• ダウンロード＆インストール
• FreeSurfer6系のダウンロードは最新版（6.0.1）が「Development version」のところにあります。
• FreeSurferのインストールはシンプルで、ダウンロードしたtarballを適当な場所（今回は/usr/local/にインストールします）に展開するだけです。
• 複数バージョンの場合、/usr/local/freesurfer/を作ってその下にバージョン毎に管理しますので、今回は展開したフォルダをリネームして6.0.1というフォルダを作ります。
• 複数バージョンの場合はインストール後にパス設定の問題があります。
• /usr/local下にfreesurferのフォルダを作成し、その下にtarballを展開します。今回は~/Downloads下にダウンロードしたと仮定します。
• 展開したファイルはデフォルトでfreesurferのフォルダ名がついていますので、これをmvで6.0.1にリネームします。
• リネームが終わったら、ライセンスファイルをコピーします。

# cd ~/Downloads
# fs_path=/usr/local/freesurfer
# sudo mkdir ${fs_path}
# sudo tar xvf fs_filename -C ${fs_path}
# sudo mv $path_to_fs/fressurfer ${fs_path}/6.0.1
# sudo cp ~/Downloads/license.txt ${fs_path}/6.0.1

FreeSurfer 7.2のインストール

• 2021年7月の7.2.0のリリースからdebパッケージが使えるようになりました。Ubuntuユーザーは嬉しいのではないでしょうか。
• フォルダは6.0.1のインストール後に7.2.0をインストールしたら、自動で作ってくれました。
• 7.2.0を最初にインストールするとバージョン分けはしてくれないかもしれません。
• 6.0.1と同様にライセンスファイルはインストールパスにコピーしてください。

# sudo apt install ./your_fs_file.deb
# fs_path=/usr/local/freesurfer
# sudo cp ~/Downloads/license.txt ${fs_path}/7.2.0

.bashrcの追加

FreeSurferはPATHの読み込みに.bashrcを使います（FSLは.bash_profileですがなぜ異なるのかはわかりません。.bash_profileはログイン時に読み込めるので静的、.bashrcはターミナルエミュレータを開くたびに再読み込みになるので動的、という感じなのでしょうか）。

• リダイレクトの記載は>だと上書きになるので、追記の場合は>>です。
• ヒアドキュメントを使って入力していますが、普通のエディタでもechoでリダイレクトしてもOKです。
• 今回は6.0.1を有効にしていて、7.2.0のフォルダはコメントアウトしています。

cat <<EOF>> .bashrc
>export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/6.0.1
># export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.2.0
>source ${FREESURFER_HOME}/SetUpFreeSurfer.sh

インストール後の確認

• 公式にあるやり方でfreeviewを立ち上げてみます。
• 変数の$SUBJECT_DIRはSetUpFreeSurfer.shが走った段階で、インストールパスのsubjectsフォルダに設定されます。
• freeviewが立ち上がったらOKです。

# cd $SUBJECTS_DIR
# freeview -v \
    bert/mri/T1.mgz \
    bert/mri/wm.mgz \
    bert/mri/brainmask.mgz \
    bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
    -f \
    bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
    bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
    bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
    bert/surf/rh.pial:edgecolor=red

バージョンの切り替えについて

力技ですが、.bashrcのFREESURFER_HOMEの設定を/usr/local/freesurfer/6.0.1と/usr/local/freesurfer/7.2.0の2種類書いておいて、基本は6.0.1の設定を生かしておいて、7.2.0の行はコメントアウトして運用しています。パスが通っていると、知らないうちに異なったバージョンでも解析できてしまうので、少し怖いですよね。注意が必要です。

おわりに

FreeSurferの異なるメジャーバージョンをインストールしました。

参考

• FreeSurfer6のインストール（公式）
• FreeSurfer7のインストール（公式）