XcodeのCapabilityの各種設定をPostProcessBuildで行う方法です。
Pushの設定などを有効にするアレです。

ざっくり流れ

In-App Purchaseなどentitlementsファイルが不要なcapabilityの場合

Unityのリポジトリから, 最新のXcode Manipulation API(以下Xcode API)を持ってくる
既存のプロジェクトにインポートできるように修正する
最新のAPIでPostProcessBuildのScriptを書く

iCloudなどentitlementsファイルが必要なcapabilityの場合

一旦先にビルドしてXcodeProjectを作成する
capabilityを設定し, entitlementsファイルを作成する
PostProcessBuildでentitlementsファイルとビルドプロパティを追加する
以後entitlements file不要な場合に合流する

詳細な流れ

entitlementsファイルのいらないcapabilityの場合

Unityのリポジトリから, 最新のXcode APIを持ってくる

https://bitbucket.org/Unity-Technologies/xcodeapi のリポジトリに行きます。
ライセンスファイルを読みライセンスを理解します
ブランチstableを取得します Revision 102

リポジトリ内のXcodeフォルダをデスクトップなど作業環境にコピーします
ターミナルでXcodeディレクトリに移動し, 下記のコマンドでC#のソースコードのnamespaceを変更します.仮に変更後のnamespaceをUnity2017.iOS.Xcodeとします

$ pwd
Users/fullcorder/Desktop/Xcode
$ find . -name '*.cs' | xargs sed -i "" 's/UnityEditor.iOS.Xcode/Unity2017.iOS.Xcode/g'

Xcode/Propertiesディレクトリをは不要なので削除します
UnityプロジェクトのEditorディレクトリにXcodeフォルダごとインポートします

PostProcessBuildスクリプトを作成し下記のようにPBXProject#AddCapabilityを使って追加します

Unity2017.1のリファレンス
https://docs.unity3d.com/2017.1/Documentation/ScriptReference/iOS.Xcode.PBXProject.AddCapability.html

[PostProcessBuild]
public static void AddCapability(BuildTarget buildTarget, string path)
{
    if(EditorUserBuildSettings.activeBuildTarget != BuildTarget.iOS)
    {
        return;
    }

    string projPath = path + "/Unity-iPhone.xcodeproj/project.pbxproj";

    var proj = new PBXProject();
    proj.ReadFromString(File.ReadAllText(projPath));

    string target = proj.TargetGuidByName(TargetGroup);

    proj.AddCapability(target, PBXCapabilityType.PushNotifications);
    proj.AddCapability(target, PBXCapabilityType.InAppPurchase);

    File.WriteAllText(projPath, proj.WriteToString());
}

以上ですあとはビルドすればOKです

entitlementsファイルが必要なcapabilityの場合

entitlementsファイルが必要な場合は, entitlementsファイルを作成したものをPostProcessBuildで追加し、あとはentitlementsファイルが不要な場合に合流します

entitlementsファイルを作成

UnityでiOSビルドしてXcodeProjectを吐き出します
Capabilityタブに行き, Pushなどをこうなりたい状態, PostProcessBuild後で設定後の形にします
entitlementsファイルがXcodeプロジェクト内に作成されるので取り出してUnityProjectにインポートします
Unityフォーラムの下記ポストからEntitlementsPostProcess.csをDLしてUnityにインポートします

EntitlementsPostProcess.csのSerializeFieldであるEntitlements Fileにentitlementsファイルを設定します
以上でentitlementsファイル追加が完了します

以後、前述の手順と合わせてビルドすると無事, 設定反映したになっていると思います
(Plist編集は別途スクリプト書いてください)

その他

Unity2017からは多分使えるAPIなので、長いプロジェクトの場合, プラットフォーム依存コンパイルでUnity5のみ限定して今回変更したnamespaceを使うようにすると良いと思います。

環境

macOS Sierra
Unity 5.5.3f1
Xcode 8.3.2

参考
https://bitbucket.org/Unity-Technologies/xcodeapi
https://forum.unity3d.com/threads/how-to-put-ios-entitlements-file-in-a-unity-project.442277/

Unity5のPostProcessBuildでXcode Capabilityの設定する方法