RMarkDown でPDF出力

Rmarkdownを使ってレポートをPDF出力させたい。

で、見様見真似でネットの情報を探しながらやったが、なかなかうまくいかなかった。

以下、それへの対応。

インストール

まずは、RStudioを一回インストールしなおして０からスタート。
んでから、以下ページを参考に、tinytexをインストール。

rmarkdownファイルの作成

rmarkdownをRStudioから作るときに、デフォルトで入っているものから、以下のページを参考にYAMLを変更。

output:
  pdf_document: 
    latex_engine: xelatex 
documentclass: bxjsarticle
classoption: xelatex,ja=standard
geometry: no

pdfcropとghostscriptがない！と怒られる。

でknitすると、以下のエラー。

Tool(s) not installed or not in PATH: pdfcrop, ghostscript

以下のページを参考に、pdfcropとghostscriptをインストールしてみた。

PDFcropは以下のコマンドをたたく。

tinytex::tlmgr_install("pdfcrop")

Ghostscriptは以下からDL,Install.　環境変数でパス通すのも忘れずに。

geometryパッケージ関係で怒られる。

再度knit.
今度は以下のエラー。

LaTeX Error: Option clash for package geometry.

で以下のページを参考にしてみる。

こちらのページではPandocの設定を弄るとある。
やけど、弄ろうにも、このページに記載していある通りに出力に--templateなんで書かれてないし、フォルダを探し回ってもそれっぽいファイルも見つからない。バージョンが違うからか？

どうしようか。。。と再度ググってみると、以下のページを発見。

こちらの最後の注釈に少し書いてあるように、geometry: noを消す。

無事出力！

するとknitが通って、無事に出力された！

font問題発生

YAMLの書き方で、以下のような書き方もある。これは最初のリンクで紹介したページを参考にしたもの。

output:
  pdf_document: 
    latex_engine: xelatex 
documentclass: bxjsarticle
header-includes: 
  - \usepackage{zxjatype} 
  - \usepackage[ipa]{zxjafont} 

ってことで、これでやってみたら、「フォントが見つからん」って怒られた。

! Package fontspec Error: The font "IPAMincho" cannot be found.

tinytex::tlmgr_install("ipaex")をやってみてフォントをインストールしてみる。
けどやっぱりだめ。
ipaexフォントを以下のページからダウンロードしてきて、Windowsに直接インストールしてみてもだめ。

うーん・・・と思って、ふと思ったのが、ipaexのフォントやのに、プリアンブルの指定がipaなのがおかしいんちゃうん？っていう点。
てことで、プリアンブルをipaexに変えてみた。

output:
  pdf_document: 
    latex_engine: xelatex 
documentclass: bxjsarticle
header-includes: 
  - \usepackage{zxjatype} 
  - \usepackage[ipaex]{zxjafont} 

するとうまくいった！！

あー、眠た～～～～。

ggplot2を含む箇所でコンパイルエラー！

うまくいったと思って、じゃあ、自分のデータ分析結果をknitしようとしたら、以下のコンパイルエラー。

! File ended while scanning use of \@xverbatim.
<inserted text> 
                \par 
<*> Report.tex

 エラー: LaTeX failed to compile Report.tex. See https://yihui.org/tinytex/r/#debugging for debugging tips. See Report.log for more info.

一個一個切り分けて原因を探ると、ggplot2 で描いた画像を出力させるところでエラーが出てる。
とうことでググると、以下の情報を見つける。

最初のオプション指定の個所で

knitr::opts_chunk$set(
  dev = "cairo_pdf",
  dev.args = list(family = "ipaexg")
)

とすればよいとのこと。Cairo_pdfというツールがあるのでそれを使う、というのとfontにipaexgを使えという指定。

ということでこれを設定して、knit!

できた！

他にも色々と参考になった。

図表番号を入れる・参照する。

ggplotの出力に対して図キャプションをつけたいし、文章の中で引用したい。
おなじく、表として出力させるものには表番号をつけたい。
ということでその方法は以下の通り。

図番号

各Chunkの最初の{r}に以下のようにすることで、そのチャンクが出力する図に対してキャプションが付与される。
こういう仕様から、当然、各チャンクが出力する図は1つしか設定できないということですな。
引用したい場合には、\\label{}をキャプションの中に書き込む。受けたい場合は\ref{}でok。

{r fig.cap="ほげほげほげ \\label{fig:ほげほげほげ}"}

(2021/3/21追記）
キャプションの中に_が含まれていると、コンパイルは通るけど、うまくキャプションの処理ができなくなるみたい。
出力されるtexを見てみたら、図の描画指示の部分に\textbackslashってタグが付いてた。なんでかわからんけど、_は避ける！

表番号

まず表を出力させるためには、表の中身をデータフレームの形で用意しておく必要がある。
その上で、knitrパッケージのkable関数を使う。
例えば以下のような感じ。引用させたい場合のlabelの書き方は図と同じ。

r<-describe(dataset[c("Q1_1","Q1_2","Q1_3")])
description<- data.frame(
    Q = c("Q1_1","Q1_2","Q1_3"),
    n = r$n,
    Mean=r$mean,
    SD = r$sd 
 )
kable(description,  
      caption = "問1の3つの質問の記述統計量 \\label{tab:Q1_description}" )

kable関数をそのままコンソールに出力させてみると、要はデータフレームをmarkdown記法の表に書き換えてるだけ。

ちなみに上でやっているのは、psychパッケージのdescribe関数で記述統計量を出した後、そのうちのｎ数と平均と標準偏差だけを表として出力させたいということで、describeの出力から、n数と平均と標準偏差を取り出して、データフレームとして格納している。

タイトルと目次と本文の間にそれぞれ改ページを入れたい。

要はtexなので、texと同じ乗りで\newpageが使えるし、\tableofcontentsが使える。
これを使って、明示的に目次を作らせればよい。
なお\tableofcontentsで目次を作らせるときには、YAMLのなかの目次作成指示の個所はtoc: noにしないといけない。

あと\tableofcontentsで目次を作らせると、デフォルトではレベル2(subsection)までしか表示されない。なので、レベル3(subsubsection)まで表示させたい場合には以下のようにレベル設定する。

ということでYAMLヘッダの直後に以下を書き込む。

\newpage
\setcounter{tocdepth}{3}
\tableofcontents
\newpage

chunk中の日本語出力

print()だと以下の通り、漢字の出力うまくいかない。

cat()だとうまくいく。

markdown記法での表の調整

表タイトルと相互参照

自作の表の上に一行空白行を置いて、Table: ＊＊＊＊＊と書けばよい。相互参照はlatexの基本に則って、\label{}をつければOK.

Table: 有意であった施策 \labe{有意であった施策}

項目|内容|
|:--|:--|
Q8|ほげほげほげ
Q6|ほげほげほげ

Markdown記法での表の列幅

2行目に配置指示と合わせて記載するハイフン-の数で決まるようだ。

|クラスタ|名前|特徴
|:--|:--|:---|
グループ1|惰性的組織|権威主義ではないが、自由もあまりない。長期的思考に乏しい。
グループ2|閉塞的成果主義組織|権威主義・責任回避的で、自由な雰囲気はない。長期的思考にも乏しい。スピード重視で個人主義的。
グループ3|開放的攻撃重視型組織|権威主義風潮はまったくなく、自由闊達で創造的。長期的思考にたって物事すすめるが、スピード重視でもある。
グループ4|開放的守備重視型組織|権威主義的ではあるが、自由闊達さも持ち合わせている。長期的思考に立って物事するめるが、スピードはまったく重視されず慎重さ・綿密さが求められる。個人よりもチームワークが重視される。

|クラスタ|名前|特徴
|:--|:--|:------------------|
グループ1|惰性的組織|権威主義ではないが、自由もあまりない。長期的思考に乏しい。
グループ2|閉塞的成果主義組織|権威主義・責任回避的で、自由な雰囲気はない。長期的思考にも乏しい。スピード重視で個人主義的。
グループ3|開放的攻撃重視型組織|権威主義風潮はまったくなく、自由闊達で創造的。長期的思考にたって物事すすめるが、スピード重視でもある。
グループ4|開放的守備重視型組織|権威主義的ではあるが、自由闊達さも持ち合わせている。長期的思考に立って物事するめるが、スピードはまったく重視されず慎重さ・綿密さが求められる。個人よりもチームワークが重視される。

任意の行で横罫線を引く

横罫線を引きたい個所のすぐ下の行頭に\hlineを置けばよい。

|クラスタ|名前|特徴
|:--|:--|:---|
グループ1|惰性的組織|権威主義ではないが、自由もあまりない。長期的思考に乏しい。
\hline グループ2|閉塞的成果主義組織|権威主義・責任回避的で、自由な雰囲気はない。長期的思考にも乏しい。スピード重視で個人主義的。
グループ3|開放的攻撃重視型組織|権威主義風潮はまったくなく、自由闊達で創造的。長期的思考にたって物事すすめるが、スピード重視でもある。
グループ4|開放的守備重視型組織|権威主義的ではあるが、自由闊達さも持ち合わせている。長期的思考に立って物事するめるが、スピードはまったく重視されず慎重さ・綿密さが求められる。個人よりもチームワークが重視される。

注意点として、\hlineの直後は半角スペースを置かないといけない。また、行頭の縦罫線|は省略するか、\hlineを縦罫線の後に置く。縦罫線の前に\hlineを置いてしまうと空白のセルが1つできてしまう。

#そのほか参考：