ag.exeの作成

準備(Shift-JIS,EUC-JPの対応)

ag (the silver searcher)はutf-8のテキストファイルしか検索してくれません．
Shift-JISやEUC-JPのテキストファイルも対象に含むようにパッチをあてたVerがありました．

ag(The Silver Searcher)でEUC-JP/Shift-JISのファイルも検索できるようにしてみた - Thinking-megane

しかし，ビルドが通りませんでした…．
改修点はsrc/util.のみのようなので，src/util.を，masterプロジェクトへ差し替えてmasterプロジェクトをビルドしました．
monochromegane/the_silver_searcher at detect-japanese-char-set · GitHub
↑こちらからsrc/util.cとsrc/util.hをコピー
ggreer/the_silver_searcher · GitHub
masterのプロジェクトをcloneしてコピーしたファイルを差し替え

ビルド

cygwinを起動し，the silver searcherのディレクトリへ移動して，build.shを実行．

cd the_silver_searcher
./build.sh

ビルド終了後、生成されたag.exeをcygwin/binにコピー．

cp ./ag.exe /bin/

↓ビルドが通らない場合，こちらのページが参考になるかと思います
Windows Cygwin環境のThe Silver Searcher(ag.exe)ビルド方法 - GeekなNooblog

Emacsの設定

emacsでag.exeのパスを通す

emacsでM-x getenv pathを実行し、pathの値にC:\cygein\bin;が含まれて無ければ.emacsに/cygwin/binディレクトリをpathに追加するコードを追加します

.emacs

;;/cygwin/binをパスを通す
(setenv "PATH" ("C:\cygein\bin;" (getenv "PATH")))

helm-ag.elを取得

cygwinで次のコマンドを実行します．
bash: git clone https://github.com/syohex/emacs-helm-ag.git

.emacsにhelm-agの設定を追加

helm-ag_sample.el

;必要であればload-pathにhelm-agディレクトリを追加
;(add-to-list 'load-path "C:\Dropbox/.emacs.d/elisp/emacs-helm-ag")

(require 'helm-config)
(require 'helm-files)
(require 'helm-ag)
; agのデフォルトのコマンドオプションを指定
; -nを消すとサブディレクトリも再帰的に検索します
(setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup -n")

;Alt+sでag実行
(define-key global-map [(M s)] 'helm-ag)

動作イメージ

Dired上で M-s → "ag --nocolor --nogroup -n する" を実行した結果．

ファイル内検索の場合はM-x helm-ag-this-fileを利用しましょう．

気になる点

Diredバッファの文字コードがutf-8なので，
"ag --nocolor --nogroup -n する"
の"する"はutf-8です．
(検索コマンドの文字コードは，カレントバッファの文字コードを引き継ぐようです)
そのためこの場合Shif-JISやEUC-JPファイル内の"する"はヒットしません．
その他の文字コードで検索したい場合は，C-x RET f(または M-x set-buffer-file-coding-system RET)でカレントバッファの文字コードを変更→再度helm-agを実行する必要があります．

参考

helm-ag作者の方のページ．ありがとうございます
helm-agを書きました - Life is very short

helm-agで高速検索 (GNU Emacs/Cygwin)