【問題点】

　Blenderで作成したオブジェクトのTransform値を適用した際に、面が裏返ってしまいます。

(顔の中心線で真っ二つに割れたスザンヌ君を一括選択し、Transform値を適用する)

↓

(片側だけ面が裏返ってしまう)

【回答】

　TransformのScale内にマイナス値があると面が裏返ります。
※同様の現象はTransform値を適用した際だけでなく、オブジェクトの結合時等にも発生します。

(顔の左側ではTransform値内でScaleにマイナスの値がないため、適用しても面は裏返らない)

(顔の右側ではTransform値内でScaleにマイナスの値があるため、適用すると面が裏返る)

↓

Scale値にマイナスが入る要因として、(私が確認できている限りでは)オブジェクトを反転させた場合(Mirrorを使用した場合)が挙げられます。

※ModifierのMirrorではなく、上部メニューバー > Object内にあるMirrorです。

【解決策】

　Mirrorを使用した際に、こまめにTransform値を適用するに限ります。
　また、裏返った面はUnity上で表示されないので、面を再度裏返してください。以下の記事の【準備】④を参考にしてください。

　こればかりは、私自身もより有効な解決策を知らないので、Mirrorを使った際はすぐTransformを適用するようにしています...。すみません...。
　適用や結合した後に、面を裏返すようにするのも問題ないですが、裏返す面と裏返さｎい面の切り分けがかなり面倒くさいので上記の方法でやるのが一番だと思います。