DNA解析3 - マッピング memo

###フロー
リファレンスGenome配列取得 ⇨ Short Read Array配列取得 ⇨ Qualityチェック ⇨ マッピング ⇨ 可視化

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###マッピング
####インデックス作成
Genome配列情報から、遺伝子のインデックスを作成しておく。
.bt2 拡張子が6種生成される。

> bowtie2-build -f pombe.fa pombe

####マッピング
Fastq形式のSRA配列を、Genome配列にマッピング。

> bowtie2 -x pombe -U SRR8512918.fastq -S SRR8512918.sam

####SAM->BAM変換

> samtools view -Sb SRR8512918.sam > SRR8512918.bam

or

> samtools view -b -o SRR8512918.bam SRR8512918.sam

####ソート

> samtools sort SRR8512918.bam -o SRR8512918_sorted.bam

####インデックスファイル .bai 作成

> samtools index SRR8512918_sorted.bam

####IGV

> igv.sh

Genome -> Load Genome from File、でFastaファイルを指定。
File -> Load from File...、でソート・インデックスした.bamファイルを指定。
読み込みフォルダに.baiファイル。