DNA解析1 - インストール memo

個人的なメモ。
###参考例

• NBDCハンズオン講習会: https://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h27

---

###インストール
####各種ツール
Sratoolkit (prefetch, fastq-dump), fastx_toolkit (fastq_quality_trimmer)等。

> brew install wget
> brew install sratoolkit
> brew install fastx_toolkit
> brew install bowtie2
> brew install samtools

#####FastQC(クオリティチェック)

• GUI版: 下記から。JDK要。
  https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

• コマンドライン版: /usr/local/src にて

> wget "http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip"
> unzip fastqc_v0.11.8.zip
> chmod a+x FastQC/fastqc
> ln -s FastQC/fastqc /usr/local/bin

####IGV(可視化)

• コマンドライン版
  http://software.broadinstitute.org/software/igv/

---

PATHの設定例
~/.bashrc

export PATH=/usr/local/src/FastQC/fastqc:$PATH