まず、dotfilesにGITで管理したいのをまとめます。
まとめる先のファイルを作ります。
$ mkdir dotfiles
Windowsで言うショートカットを作成します。
例)
$ ln -sf ~/dotfiles/.tmux.conf ~/.tmux.conf
$ ln -sf ~/dotfiles/.vimrc ~/.vimrc
GITにアップロードします。
$ git init
$ git add .
$ git commit -m "commit message"
$ git remote add origin [URL]
$ git push -u origin master