最終更新 22/07/08

環境

Windows 11
Anaconda
- Python 3.9.12
- Anaconda-Navigator 2.1.4
- conda 4.13.0

やったこと

すでにconda-forgeがチャンネルに入っている場合は省略

conda config --add channels conda-forge

ここから本題

conda install pymol-open-source
## Solving environment後 Pythonなどのバージョンに合ったものが選ばれる
> Proceed? ([y]/n) ## yと答えるか何も打たずにEnter
> done

PyMOLの起動

pymol
> "C:\Anaconda3\Scripts\\..\python.exe" "C:\Anaconda3\Scripts\\..\Lib\site-packages\pymol\__init__.py"
> could not find or load the Qt platform plugin "windows" in ""

というエラーが出た
どうやらPyQt5プラグインを探せないエラーっぽい

試したけどダメだったこと

Anacondaをインストールした際にデフォルトで付いてくるPyQt5は
Spyder等を起動するのに必須らしいが
conda listで確認するとpypiチャンネルから(pip install ~~)のものらしい

pip uninstall PyQt5 PyQt5-sip PyQtWebEngine
conda install pyqt

でcondaのチャンネルから新しく入れたがエラーは特に変わらず

解決法その1

別のパッケージでも同じエラーが出るらしい
https://qiita.com/sukoppu1102/items/f5c00b520da0fa5d2ff3

ただし記事の通りにシステム環境変数に「QT_PLUGIN_PATH」を追加すると
他のQtベースのUIを使用しているWindowsのアプリケーション(LINEなど)が
競合を起こして正常に機能しなくなる

そこで以下の記事を参照
https://zenn.dev/eqs/scraps/714b7889323109

この記事の通りにシステム環境変数に以下の値を追加

変数名： QT_QPA_PLATFORM_PLUGIN_PATH
変数値： C:\Anaconda3\Library\plugins　　(自身のAnacondaインストール先フォルダを参照)

これで再度ターミナルからPyMOLを実行したところ
無事に起動しGUIが表示されました

しかしこれでも一部のアプリケーションが不具合を起こす場合もあります
その場合は解決法その2を試してください

解決法その2

最初に実行されるファイル「__init__.py」を直接編集します

プロンプト上でpymolを実行したときに表示されるファイル
筆者の環境ではこれ → "C:\Anaconda3\Lib\site-packages\pymol\__init__.py"

適当なエディタで開くと
「setup_environ」
という名前で定義されている関数があると思います

その関数内の最後に以下を追加

def setup_environ():
    ~~
    省略
    'PYMOL_PATH'に色々パスを追加している内容が書かれている
    ~~
    plugin_path = 'C:/Anaconda3/Library/plugins' ## 自身のAnacondaインストール先フォルダを参照
    os.environ['QT_QPA_PLATFORM_PLUGIN_PATH'] = plugin_path

こうすることで
__init__.py を実行した時にのみ
一時的に環境変数に'QT_QPA_PLATFORM_PLUGIN_PATH'が追加されるため
他のアプリケーションと競合を起こさないはずです

(最初からpluginフォルダを探すようにデフォルトでなっていて欲しいですが…)

補足

conda install -c schrodinger pymol-bundle

の方はSolving environmentの結果がfailedになってインストール失敗

これはおそらくPythonが3.9だからだと思います
PyMOLをEXEでインストールする場合はPython3.7が付いてくるので
参考：https://pymol.org/2/

コメントより追加補足
conda create -n test
conda install -c schrodinger pymol-bundle -n test
として新たに作成した仮想環境にpymol-bundleをインストールをしようとすると
Pythonのバージョンは3.8.13になるようです (2022/07/01 現在)