CRLFが含まれているファイルを手っ取り早く探して置換

fileコマンドに聞いてみる

例えばカレント配下の*.javaファイルなら

find . -name '*.java' | xargs file | grep CRLF

見つかった結果を一括で置換したい場合は

find . -name '*.java' | xargs file | grep CRLF | awk -F: '{print $1}' | xargs dos2unix

など。

注意

fileコマンドに依存するので万能な方法じゃないです。
例えばxmlファイルとかは
XML document text
とか言われるだけで改行コードの情報を教えてくれません。

参考

bash - How do you search for files containing dos line endings (CRLF) with grep on Linux? - Stack Overflow