Cif2cellの環境構築

Cif2cell (https://sourceforge.net/projects/cif2cell/files/latest/download) から第一原理計算用入力ファイル.inを作成する方法の備忘録。とにかくcif2cellを動すことが目標としている。次の動画を主に参照している。(https://www.youtube.com/watch?v=yPUjTDWIMOU&list=LL&index=2&t=210s)

環境:Ubuntu

まずCif2cellはUbuntuに標準搭載のpython3では動かないらしい(筆者は試していないが)ためUbuntuにpython2を入れる。

$ sudo apt upgrade
$ sudo apt -y install python2 python-setuptools python2-dev

次にCif2cellのホームページから(https://sourceforge.net/projects/cif2cell/files/latest/download) からcif2cell-1.2.10.tar.gzをダウンロードし、任意のディレクトリ中で解凍する。

$ tar -zxvf cif2cell-1.2.10.tar.gz

次にpython2をデフォルトで使用できるようにする。筆者は次の方を参考にした。(https://qiita.com/piyo_parfait/items/5abbe4bee2495a62acdc) 現段階でどのpythonが入っているか、確認する。

~$ which python2
/usr/bin/python2
~$ ls /usr/bin/ | grep python
python2
python2-config
python2.7
python2.7-config
python3
python3-config
python3.10
python3.10-config
x86_64-linux-gnu-python2-config
x86_64-linux-gnu-python2.7-config
x86_64-linux-gnu-python3-config
x86_64-linux-gnu-python3.10-config

python2は2.7 python3は3.10が入っていることがわかります。下記の通り入力し python2.7を優先度1、python3.10を優先度2で登録しておきます。

$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2.7  1   #python3.6を優先順位1で登録
$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.10 2   #python2.7を優先順位2で登録

登録されたpythonの、優先順位を確認しpython2に設定する。

$ sudo update-alternatives --config python
There are 2 choices for the alternative python (providing /usr/bin/python).

  Selection    Path                 Priority   Status
------------------------------------------------------------
* 0            /usr/bin/python3.10   2         auto mode
  1            /usr/bin/python2.7    1         manual mode
  2            /usr/bin/python3.10   2         manual mode

Press <enter> to keep the current choice[*], or type selection number: 1

再びcif2cell-1.2.10のディレクトリ内に入って確認

$ cd cif2cell-1.2.10
$ ls
ESPInterfaces.py  LICENSE   PyCifRW-3.3.tar.gz  cif2cell  docs            setup.py           uctools.py
HOWTOCITE         PKG-INFO  README              cifs      elementdata.py  spacegroupdata.py  utils.py

PyCifRW-3.3.tar.gzを解凍

$ tar -zxvf PyCifRW-3.3.tar.gz

PyCifRW-3.3中に入ってsetup.pyを実行

$ cd PyCifRW-3.3
$ sudo python2 setup.py install

cif2cell-1.2.10に戻ってsetup.pyを実行

$ cd ..
$ sudo python2 setup.py install

ここまででCif2cellの環境構築は終了。

(https://www.crystallography.net/cod/) から適当なcifを持ってきて保存。cifファイルを保存したディレクトリに移動し確認。今回は1010196.cifで保存している。

$ ls
1010196.cif

細かいコマンドは別の投稿で解説する予定。対称性を保った形で.inファイルを作成する。.cifを最後に書く。

cif2cell --force -p pwscf --setup-all --print-symmetry-operations --pwscf-atomic
-units --pwscf-pseudostring=.pbe-spn-kjpaw_psl.1.0.0.UPF -f 1010196.cif

同じディレクトリ中に.inファイルが作成されている。

$ ls
1010196.cif  name.in