CentOS6.4にもともと入っていたgit 1.7.1→2.3.5へ入れ替えたときに遭遇。
httpアクセスできるようになっていたリポジトリが見つからない。
yumではなくソースから入れたため、/usr/local/libexec/git-core/git-http-backend/に場所が変わっていたのが原因。
/etc/httpd/conf.d/vcs.confのこの行を修正。
ScriptAlias /git/ /usr/libexec/git-core/git-http-backend/