別のgitリポジトリから持ってきたmbox形式のパッチをapplyで当てるには、--directory=でパッチを当てるディレクトリを指定すると良いみたい。
例。
kernelへのパッチあて
$ git apply --directory=kernel path/to/patch
androidへのパッチあて
$ git apply --directory=android/frameworks/base path/to/patch
applyの代わりにamでも同様に使えます。
$ git am --directory=kernel path/to/patch
$ git am --directory=android/frameworks/base path/to/patch
コミットメッセージやDate,Authorをそのまま残したい場合はamで、そうでない場合はapplyを使うと良いようです。