XenAppやXenDesktopの製品名がCVADに変更されていました。
WinFrame、MetaFrameXP、MPS、CPS、XenApp&XenDesktopと製品名称が変更になり、
AppとDesktopが1つの製品ラインに変更されCVADとなったのでしょうか。
個人的にはXenApp、XenDesktopが好きなのでここではXenAppと表記します。

さて、無操作状態(アイドル)のタイムアウトの設定ですが、XenDesktopでは
Citrix側のポリシーで設定できるのですが、XenAppの場合は、グループポリシーで
設定する必要があります。
元々XenAppがMicrosoft RDSのアドオンとして開発された経緯があるのでその制限を
受けているのかと思います。
アイドルタイムアウトの設定ですが、残り2分を切るとポップアップが表示されます。
「あと2分で切れますよー」的な。
このメッセージですが、RDS(tcp:udp/3389)で接続している環境では制御できるのですが、
ICAで接続している場合には制御できません。
メッセージを制御しているのは「fEnableTimeoutWarning」が「0」の場合は非表示となり
「1」の場合には表示されます。

XenAppの場合はどうでしょう。RDSとは別のレジストリを参照しているようで、「0」を設定しても
メッセージがしつこく表示されてしまいます。

ICAセッションでログイン時に参照しているレジストリを調査してみました。
ログイン時、次のキーを参照していました。

HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\DefaultUserConfiguration 名前：fEnableTimeoutWarning

このレジストリはデフォルトで存在しない値なので新規に作成し「0」をセットしましたが
有効には働きませんでした。

もう一度確認すると、次のレジストリも参照しており、こちらもデフォルトでは存在しない
レジストリでした。

HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\WinStations\ICA-CGP 名前：fEnableTimeoutWarning

このレジストリ以外の「ICA-CGP-1,ICA-CGP-2,ICA-CGP-3,ICA-HTML5,ICA-SSL」には
fEnableTimeoutWarningが存在し、デフォルトで「1]が設定されているのですが、
「ICA-TCP,ICA-CGP」にはキーすら存在しませんでした。

長々と書きましたが、次のレジストリを設定すると、「あと2分で切れますよー」の
ポップアップが表示されなくなります。

キー：HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\WinStations\ICA-CGP 名前：fEnableTimeoutWarning 種類:REG_DWORD 値：0

「ICA-CGP-1,ICA-CGP-2,ICA-CGP-3,ICA-HTML5,ICA-SSL」に存在するレジストリには「1」が
デフォルトで設定されているのでこちらも「0」に変更しておきます。

XenAppインストール時、これらのキーを作成するために元となるレジストリが存在するはず
なのですが、この調査はまた気が向いたときにでも。
予想としては、
「HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\DefaultUserConfiguration」
に含まれている情報をマスターとして利用しているように思うのですが、真相は・・・。