Ubuntu 20.04 で Bio-Formats の使い方

Bio-Formatsの使い方です。

1. コマンドラインツールのダウンロード

wget https://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/6.5.1/artifacts/bftools.zip

解凍して、例えば、$HOME/bin/bftools とする

Path を通す

.bash_profile

（省略）
export PATH=$HOME/bin/bftools:$PATH

2)　ij.jar のダウンロード

wget http://wsr.imagej.net/distros/linux/ij153-linux64-java8.zip

解凍して、ij.jar を $HOME/bin/bftools に入れる

1. サンプルデータのダウンロード

wget https://downloads.openmicroscopy.org/images/OME-TIFF/2016-06/tubhiswt-2D.zip

解凍すると次の２つのファイルがある

$ tree tubhiswt-2D
tubhiswt-2D
├── tubhiswt_C0.ome.tif
└── tubhiswt_C1.ome.tif

1. 画像の表示

showinf tubhiswt_C0.ome.tif

1. ImageJ で画像の表示

ijview tubhiswt_C0.ome.tif