MysqlのNOT IN句はNULLが絡むと初見ではちょっと気付けない挙動をします。MySQL以外でどうなのかは知りませんが。

以下のような見やすいテーブルの話をします。

まずは以下のクエリと実行結果を御覧ください。

SELECT * FROM `mytable` WHERE `num` IN (1, 3);

id, num, name
1, 1, hello

はい、特に不審な点はありませんね。
では次。

SELECT * FROM `mytable` WHERE `num` NOT IN (1, 3);

id, num, name
2, 2, world

SELECT * FROM `mytable` WHERE `num` IN (1, 3, NULL);

id, num, name
1, 1, hello

どうやら値がNULLだとINにもNOT INにも引っかからなくなるようです。
ちなみに IN ('') や NOT IN ('')でもNULLは引っかからない。

SELECT * FROM `mytable` WHERE `num` NOT IN (1, 3, NULL);

id, num, name

0件。

…と思うじゃん？
油断すると簡単に以下のようなクエリになったりします。

SELECT * FROM `another_table` WHERE `another_table`.`id` NOT IN( 
    SELECT `num` FROM `mytable` 
);

この場合サブクエリ部分が(1, 2, NULL) となって1行も返ってこない悲しい結果になります。

サブクエリ内でWHERE に IS NOT NULL を追加するなどしましょう。

SELECT * FROM `another_table` WHERE `another_table`.`id` NOT IN(
    SELECT num FROM `mytable` WHERE `num` IS NOT NULL
);