xinput を使うと簡単にできます。Arch Linux では pacman -S xf86-input-libinput xorg-xinput でインストールしておいてください。

まず xinput に認識されているデバイスを確認します。xinput list で表示できます。

% xinput list
⎡ Virtual core pointer                          id=2    [master pointer  (3)]
⎜   ↳ Virtual core XTEST pointer                id=4    [slave  pointer  (2)]
⎜   ↳ ELECOM ELECOM Wireless Mouse              id=8    [slave  pointer  (2)]
⎣ Virtual core keyboard                         id=3    [master keyboard (2)]
    ↳ Virtual core XTEST keyboard               id=5    [slave  keyboard (3)]
    ↳ Power Button                              id=6    [slave  keyboard (3)]
    ↳ Power Button                              id=7    [slave  keyboard (3)]
    ↳ Topre Corporation RealForce Compact       id=9    [slave  keyboard (3)]

自分はマウスとして ELECOM M-BL20DBシリーズを使っているんですが、それが認識されていることを確認して、xinput で設定可能な項目を確認します。

% xinput list-props 'ELECOM ELECOM Wireless Mouse '
Device 'ELECOM ELECOM Wireless Mouse ':
        Device Enabled (146):   1
        Coordinate Transformation Matrix (148): 1.000000, 0.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 0.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000
        libinput Accel Speed (281):     0.000000
        libinput Accel Speed Default (282):     0.000000
        libinput Accel Profiles Available (283):        1, 1
        libinput Accel Profile Enabled (284):   1, 0
        libinput Accel Profile Enabled Default (285):   1, 0
        libinput Natural Scrolling Enabled (286):       0
        libinput Natural Scrolling Enabled Default (287):       0
        libinput Send Events Modes Available (266):     1, 0
        libinput Send Events Mode Enabled (267):        0, 0
        libinput Send Events Mode Enabled Default (268):        0, 0
        libinput Left Handed Enabled (288):     0
        libinput Left Handed Enabled Default (289):     0
        libinput Scroll Methods Available (290):        0, 0, 1
        libinput Scroll Method Enabled (291):   0, 0, 0
        libinput Scroll Method Enabled Default (292):   0, 0, 0
        libinput Button Scrolling Button (293): 2
        libinput Button Scrolling Button Default (294): 2
        libinput Middle Emulation Enabled (295):        0
        libinput Middle Emulation Enabled Default (296):        0
        Device Node (269):      "/dev/input/event0"
        Device Product ID (270):        1390, 163
        libinput Drag Lock Buttons (297):       <no items>
        libinput Horizontal Scroll Enabled (298):       1

この中に「libinput Natural Scrolling Enabled」というのがあるので、これを有効化することで natural scrolling にすることができます。

% xinput set-prop 'ELECOM ELECOM Wireless Mouse ' 'libinput Natural Scrolling Enabled' 1

これは X を起動するときに毎回実行する必要があるので、~/.xinitrc あたりに書いておくといいと思います。