意外とハマったのでメモ。
速度を稼ぐために、warファイル化したrailsアプリをJRubyで動かしているのはいいけど、バッチ処理をrails runnerでやりたいといった場合、ちょっとだけ細工が必要です。
具体的には以下のような細工になります。
・warble configでwarble.rbを生成
・warble.rbのconfig.dirsの設定にscriptフォルダを追加
warbleのデフォルト設定ではscriptフォルダがwarファイルに格納されないので、デプロイ先でrails runnerコマンドを実行しようとしても、script/railsがないので実行できないという状態になります。
なので、waable.rbにscriptフォルダをwarに含むように書き換えてやれば、それで通ります。