ターミナルから Mac を設定する（defaults write コマンド等）

シェルスクリプトにそのまま書けるので、dotfiles に入れて、初期設定を自動化できます。

Dock

# Automatically hide or show the Dock （Dock を自動的に隠す）
defaults write com.apple.dock autohide -bool true
# Wipe all app icons from the Dock （Dock に標準で入っている全てのアプリを消す、Finder とごみ箱は消えない）
defaults write com.apple.dock persistent-apps -array
# Set the icon size （アイコンサイズの設定）
defaults write com.apple.dock tilesize -int 55
# Magnificate the Dock （Dock の拡大機能を入にする）
defaults write com.apple.dock magnification -bool true

Mission Control

# Hot corners （Mission Control のホットコーナーの設定）
# Possible values:
#  0: no-op
#  2: Mission Control
#  3: Show application windows
#  4: Desktop
#  5: Start screen saver
#  6: Disable screen saver
#  7: Dashboard
# 10: Put display to sleep
# 11: Launchpad
# 12: Notification Center
# Top left screen corner → Put display to sleep （左上 → ディスプレイをスリープ）
defaults write com.apple.dock wvous-tl-corner -int 10
defaults write com.apple.dock wvous-tl-modifier -int 0
# Top right screen corner → Desktop （右上 → デスクトップを表示）
defaults write com.apple.dock wvous-tr-corner -int 4
defaults write com.apple.dock wvous-tr-modifier -int 0
# Bottom left screen corner → Mission Control （左下 → Mission Control）
defaults write com.apple.dock wvous-bl-corner -int 2
defaults write com.apple.dock wvous-bl-modifier -int 0
# Bottom right screen corner → Show application windows （右下 → アプリケーションウィンドウ）
defaults write com.apple.dock wvous-br-corner -int 3
defaults write com.apple.dock wvous-br-modifier -int 0

QuickLook

# Allow you to select and copy string in QuickLook （QuickLook で文字の選択、コピーを出来るようにする）
defaults write com.apple.finder QLEnableTextSelection -bool true

私の環境（OS X 10.11 El Capitan クリーンインストール）だと、これが動かなくて困ってます。。。

Finder

# Automatically open a new Finder window when a volume is mounted
# マウントされたディスクがあったら、自動的に新しいウィンドウを開く
defaults write com.apple.frameworks.diskimages auto-open-ro-root -bool true
defaults write com.apple.frameworks.diskimages auto-open-rw-root -bool true
defaults write com.apple.finder OpenWindowForNewRemovableDisk -bool true

# Set `${HOME}` as the default location for new Finder windows
# 新しいウィンドウでデフォルトでホームフォルダを開く
defaults write com.apple.finder NewWindowTarget -string "PfDe"
defaults write com.apple.finder NewWindowTargetPath -string "file://${HOME}/"

# Show Status bar in Finder （ステータスバーを表示）
defaults write com.apple.finder ShowStatusBar -bool true

# Show Path bar in Finder （パスバーを表示）
defaults write com.apple.finder ShowPathbar -bool true

# Show Tab bar in Finder （タブバーを表示）
defaults write com.apple.finder ShowTabView -bool true

# Show the ~/Library directory （ライブラリディレクトリを表示、デフォルトは非表示）
chflags nohidden ~/Library

# Show the hidden files （不可視ファイルを表示）
defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles YES

Safari

# Enable the `Develop` menu and the `Web Inspector` （開発メニューを表示）
defaults write com.apple.Safari com.apple.Safari.ContentPageGroupIdentifier.WebKit2DeveloperExtrasEnabled -bool true
defaults write com.apple.Safari IncludeDevelopMenu -bool true
defaults write com.apple.Safari WebKitDeveloperExtrasEnabledPreferenceKey -bool true

# Enable `Debug` menu （メニュー → デバッグを表示）
defaults write com.apple.Safari IncludeInternalDebugMenu -bool true

# Show the full URL in the address bar (note: this will still hide the scheme)
# アドレスバーに完全なURLを表示
defaults write com.apple.Safari ShowFullURLInSmartSearchField -bool true

# Add a context menu item for showing the `Web Inspector` in web views
# コンテキストメニューにWebインスペクタを追加
defaults write NSGlobalDomain WebKitDeveloperExtras -bool true

# Show Safari's Status Bar （ステータスバーを表示）
defaults write com.apple.Safari ShowStatusBar -bool true

# Don't remember passwords （パスワードを自動入力・記録しない）
defaults write com.apple.Safari AutoFillPasswords -bool false

Terminal.app

Terminal.app で、カスタムテーマを作り、それを書き出して*.terminalファイル(ここでは、Solarized_Dark.terminal )を実行するシェルスクリプトと同じフォルダに入れておく。

# Use a custom theme （カスタムテーマを使う、そのテーマをデフォルトに設定する）
# Use a modified version of the Solarized Dark theme by default in Terminal.app
TERM_PROFILE='Solarized_Dark';
TERM_PATH='./';
CURRENT_PROFILE="$(defaults read com.apple.terminal 'Default Window Settings')";
if [ "${CURRENT_PROFILE}" != "${TERM_PROFILE}" ]; then
    open "$TERM_PATH$TERM_PROFILE.terminal"
    defaults write com.apple.Terminal "Default Window Settings" -string "$TERM_PROFILE"
    defaults write com.apple.Terminal "Startup Window Settings" -string "$TERM_PROFILE"
fi
defaults import com.apple.Terminal "$HOME/Library/Preferences/com.apple.Terminal.plist"

Spotlight

# Load new settings before rebuilding the index （インデックスを再構築する前に新しい設定を読み込む）
killall mds > /dev/null 2>&1
# Make sure indexing is enabled for the main volume （メインディスクのインデックスを有効にする）
sudo mdutil -i on / > /dev/null
# Rebuild the index from scratch （インデックスを最初から再構築）
sudo mdutil -E / > /dev/null

Trackpad

# Enable `Tap to click` （タップでクリックを有効にする）
defaults write com.apple.driver.AppleBluetoothMultitouch.trackpad Clicking -bool true
defaults write NSGlobalDomain com.apple.mouse.tapBehavior -int 1
defaults -currentHost write NSGlobalDomain com.apple.mouse.tapBehavior -int 1

# Map bottom right Trackpad corner to right-click （右下をクリックで、副クリックに割り当てる）
defaults write com.apple.driver.AppleBluetoothMultitouch.trackpad TrackpadCornerSecondaryClick -int 2
defaults write com.apple.driver.AppleBluetoothMultitouch.trackpad TrackpadRightClick -bool true
defaults -currentHost write NSGlobalDomain com.apple.trackpad.trackpadCornerClickBehavior -int 1
defaults -currentHost write NSGlobalDomain com.apple.trackpad.enableSecondaryClick -bool true

その他の設定

# Avoid creating `.DS_Store` files on network volumes （ネットワークディスクで、`.DS_Store` ファイルを作らない）
defaults write com.apple.desktopservices DSDontWriteNetworkStores -bool true

# Hide the battery percentage from the menu bar （バッテリーのパーセントを非表示にする）
defaults write com.apple.menuextra.battery ShowPercent -string "NO"

# Date options: Show the day of the week: on （日付表示設定、曜日を表示）
defaults write com.apple.menuextra.clock 'DateFormat' -string 'EEE H:mm'

# Disable the "Are you sure you want to open this application?" dialog
# 未確認のアプリケーションを実行する際のダイアログを無効にする
defaults write com.apple.LaunchServices LSQuarantine -bool false

# Automatically quit the printer app once the print jobs are completed
# 印刷が終了したら、自動的にプリンターアプリを終了する
defaults write com.apple.print.PrintingPrefs "Quit When Finished" -bool true

# Save screenshots as PNGs （スクリーンショット保存形式をPNGにする）
defaults write com.apple.screencapture type -string "png"

# Require password immediately after the computer went into
# sleep or screen saver mode （スリープまたはスクリーンセーバから復帰した際、パスワードをすぐに要求する）
defaults write com.apple.screensaver askForPassword -int 1
defaults write com.apple.screensaver askForPasswordDelay -int 0

# Expand save panel by default （保存パネルをデフォルトで開いた状態にする）
defaults write NSGlobalDomain NSNavPanelExpandedStateForSaveMode -bool true

# Expand print panel by default （印刷パネルをデフォルトで開いた状態にする）
defaults write NSGlobalDomain PMPrintingExpandedStateForPrint -bool true

# Hide the Time Machine and Volume icons from the menu bar （メニューバーのTime Machine と音量アイコンを非表示にする）
for domain in ~/Library/Preferences/ByHost/com.apple.systemuiserver.*; do
    sudo defaults write "${domain}" dontAutoLoad -array \
        "/System/Library/CoreServices/Menu Extras/TimeMachine.menu" \
        "/System/Library/CoreServices/Menu Extras/Volume.menu"
done

最後に

以上が、個人的な設定ですが、mathiasbynens さんの、.osx が、割とまとまって色んな事設定してました。
さらに、それを解説している、勝手に独り読書会 - その01 - ばかもりだし も「その08」まであって、全部参考になります。