２つのファイルから重複したデータを出力する

cat sort uniq を使う方法

cat a.txt b.txt | sort | uniq -d > tmp.txt

fgrep を使う場合

fgrep -xf a.txt b.txt > tmp.txt

DanKogaiさん流

perl -nle '$l{$_}++;END{$l{$_}>1 and print for keys %l}' a.txt b.txt > tmp.txt

素直にコード書く

#!/usr/bin/perl

sub data {
    my $file = shift;
    open(FILE, $file) or die "$!";
    my @data = ();
    while(<FILE>) {
        chomp($_);
        push @data, $_;
    }
    close(FILE);
    return @data;
}

@file1 = data("./a.txt");
@file2 = data("./b.txt");

my %data;
my @dup = grep { $data{$_} >= 2 } grep { ++$data{$_} > 1 } (@file1, @file2);
print "$_\n" for @dup;