BlastKOALAとは
BlastKOALAは以下のようなツールである。ざっくりまとめると、ゲノム配列に対してKOアサインメントをして、KEGGパスウェイと比較してどうかという感じで比較できるツールであると思う。KO (KEGG Orthology)はKEGGにおけるOrthologyで、異種間の相同遺伝子をまとめている。
BlastKOALA and GhostKOALA are automatic annotation servers for genome and metagenome sequences, which perform KO (KEGG Orthology) assignments to characterize individual gene functions and reconstruct KEGG pathways, BRITE hierarchies and KEGG modules to infer high-level functions of the organism or the ecosystem. Both servers are made freely available at the KEGG Web site.
参照: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228361500649X?via%3Dihub#
利用するページ: https://www.kegg.jp/blastkoala/
BLASTを用いて、これと比較することでリファレンスパスウェイと比較できるので、例えば「この生物はグルコースは分解できるぞ！」、「エタノールもパスウェイ的に分解できそうだな」という具合に特徴を知ることができる。BlastKOALAはGUIなので、誰でも操作できる。なお、類似したものとしてKAASとGhostKOALAがあるが、KAASは塩基配列可能、配列に対して双方向ベストヒットを探すアルゴリズムが組まれているらしい。(TogoTVに載っていた) KAASはその特徴から少し重いようである。GhostKOALAはGHOSTX (BLASTと似た働きをするアルゴリズム) によりKO解析をするらしい。GHOSTXをそもそも知らないので、今回はBlastKOARAを選択した。
BlastKOALAにはfaaファイルが必要
BlastKOARAはアミノ酸配列のみをクエリとして受け付ける。したがって、アミノ酸配列だけを入手する必要がある。ただ、やり方は非常に簡単なので、安心してほしい。
- まずはDFASTに配列を投げる。(https://dfast.nig.ac.jp/)
- 結果が出ると上のような画面になるので、protein.faaをダウンロード。
- BlastKOALAに投げる。(Submitしてからメールが来るのでConfirmationまでして完了)
結果が来ると
以下のようなものがHtml形式で見れる。ぽちぽちすると結果の閲覧ができる。2種類、3種類で比較すると結果が詳しく解析できるので、非常に便利ではなかろうか。
個人的に思うこと
KEGGは世界の研究を変えたと思います。研究者が手作業で作っているので圧倒的安心感があります。早くノーベル賞取ってほしいですね。