Windowsで利用可能なGit ClientであるGitKraken。
入門者向けを意識して極力オプションも省いた設計の新鋭Gitクライアントです。
私のWindows 10 Home x64環境ではデスクトップを右クリックして出てくるコンテキスト メニューに
Open with GitKraken
が登録されていて、これは通常の登録方法（一般的には自動起動の Directory or Folder キーに登録される）とは異なるレジストリKeyに格納されているためGitKraken本体をいくら削除しても再インストールしても消えることがありませんでした。
前述したように可能な限りオプションを省いたクライアントのため設定画面には「右クリック メニューへの登録」の有無を行う項目はありません。
日本語検索では解決方法が見つからないので現行のインストーラーでは発生しない事象かもしれず以前のインストーラーが強制的に行った設定かもしれません。
今回はregeditで検索してKeyを探し削除することで解決したので記しておきます。
Keyの場所は
HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Directory\Background\shell\GitKraken
です。
レジストリ エディター（regedit.exe）を管理者権限で起動して該当箇所にある GitKraken 以下を削除してWindowsの再起動を行えば完了です。
入門者向けということでデスクトップのコンテキスト メニューに強制登録したのかもしれませんが日本語環境だと場合によりデスクトップはDesktopに置き換えられ、かえって混乱を招くため個人的にはあまり推奨できません。