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@daikumatan(長尾 太介 (Daisuke Nagao))

Ubuntu20.04 へのSlurmのインストール (AWS EC2 Instance)

Last updated at Posted at 2021-03-28

はじめに

検証環境として Amazon EC2 のUbuntu20.04へ、Slurmをインストールすることになったので、その手順をメモします。

前提条件

今回は、Slurmのホストノード兼、debugキューを持つ計算ノードとします。そのため、下記２つのデーモンを起動します。

  • slurmctld
  • slurmd

ジョブのアカウンティング機能は今回設定しません、そのため、slurmdbd は起動していません。

参考情報

下記を参考にしました。一部、はまった部分もあるので、そこも含めてメモしておきます。オンプレでもたぶん一緒の手順でインストールできるとは思いますが、試してはいません。

Ubuntu20.04 の EC2インスタンスの起動

インスタンス起動

今回は下記のインスタンスを起動しました。 使用したAMIは ami-059b6d3840b03d6dd です。起動方法はここでは省略します。

image.png

パッケージのアップデート

いったん既存パッケージをアップデートしておきましょう。

command
sudo apt update

mungeのインストールと起動

mungeをインストールします。

libmunge-dev も必要ですので、忘れないようにしましょう。

command
sudo apt install -y munge libmunge-dev

mungeの起動確認

すでに起動していますが、念の為、mungeを再起動します。

command
sudo systemctl restart munge

起動状態を確認します。 以下のように active (running) になっていればOKです。

command
sudo systemctl status munge
response
● munge.service - MUNGE authentication service
     Loaded: loaded (/lib/systemd/system/munge.service; enabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Sun 2021-03-28 04:19:53 UTC; 1s ago
       Docs: man:munged(8)
    Process: 2019 ExecStart=/usr/sbin/munged (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 2022 (munged)
      Tasks: 4 (limit: 1160)
     Memory: 896.0K
     CGroup: /system.slice/munge.service
             └─2022 /usr/sbin/munged

Mar 28 04:19:53 ip-10-0-0-87 systemd[1]: Starting MUNGE authentication service...
Mar 28 04:19:53 ip-10-0-0-87 systemd[1]: Started MUNGE authentication service.

Slurm のインストール

関連パッケージのインストール

c言語環境が必要なので、下記gccをインストールします。これがないと、下記のconfigureの実行で怒られます。

command
sudo apt install -y build-essential

念の為、インストールがされたことを確認してみましょう

command
$ gcc --version
gcc (Ubuntu 9.3.0-17ubuntu1~20.04) 9.3.0
Copyright (C) 2019 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

パッケージのダウンロード

SchedMDのDownloadページ からパッケージをダウンロードし、ファイルを展開します。2021年3月28日現在、 slurm-20.11.5.tar.bz2 が最新でしたので、これを使います。ホームディレクトリー直下にダウンロードすることとします。

command
cd $HOME
wget https://download.schedmd.com/slurm/slurm-20.11.5.tar.bz2

パッケージの展開

パッケージを展開します。

command
tar -jxvf slurm-20.11.5.tar.bz2

インストール

configureによるインストール環境確認

./configure を実行して、インストール可能な環境か確認します。

  • mungeでトラブルが発生することが多かったので、念のため --with-munge=<'mungeインストールディレクトリ'> オプションを入れています。
  • オプションに関して、 ./configure --help でその詳細を確認できます。
  • 何かトラブルが出たときは、 configure.log の情報も確認してください

展開したパッケージへディレクトリーを移動します。

command
cd $HOME/slurm-20.11.5

mungeのインストールディレクトリーを調べます。この例では、 /usr/bin にmungeがインストールされています。

command
munge_dir=$(which munge) && echo ${munge_dir%/munge}
response
/usr/bin

下記の ${munge_dir%/munge} は /usr/bin と直接いれてもかまいません。
mungeのインストールディレクトリーを指定しています。(多分、オプションなくても動きます。念のため)

command
./configure --with-munge="${munge_dir%/munge}"

Makefileが正しく作成されたことを確認しましょう。

command
$ ls -l Makefile
-rw-rw-r-- 1 ubuntu ubuntu 25199 Mar 28 04:50 Makefile

念のため、ここではmungeが正しく認識されていることを確認します。
mungeでトラブルが発生することが多かったので、うまくmungeを読み込めなかったときの状態も示しておきます。

GOOD
$ grep -i munge config.log
  $ ./configure --with-munge=/usr/bin
configure:20170: checking for munge installation
configure:20202: gcc -o conftest -g -O2 -fno-omit-frame-pointer -pthread -ggdb3 -Wall -g -O1 -fno-strict-aliasing    conftest.c -L/usr/lib64 -lmunge  -lm -lresolv  >&5
config.status:1672: creating src/plugins/auth/munge/Makefile
config.status:1672: creating src/plugins/cred/munge/Makefile
config.status:1978: cd src/plugins/auth/munge       && sed -e '/# am--include-marker/d' Makefile         | make -f - am--depfiles
config.status:1978: cd src/plugins/cred/munge       && sed -e '/# am--include-marker/d' Makefile         | make -f - am--depfiles
x_ac_cv_munge_dir=/usr
MUNGE_CPPFLAGS='-I/usr/include'
MUNGE_DIR='/usr'
MUNGE_LDFLAGS='-Wl,-rpath -Wl,/usr/lib64 -L/usr/lib64'
MUNGE_LIBS='-lmunge'
WITH_MUNGE_FALSE='#'
WITH_MUNGE_TRUE=''
BAD
$ grep -i munge config.log
  $ ./configure --with-munge=/usr/bin
configure:20170: checking for munge installation
configure:20218: WARNING: unable to locate munge installation
config.status:1672: creating src/plugins/auth/munge/Makefile
config.status:1672: creating src/plugins/cred/munge/Makefile
config.status:1978: cd src/plugins/auth/munge       && sed -e '/# am--include-marker/d' Makefile         | make -f - am--depfiles
config.status:1978: cd src/plugins/cred/munge       && sed -e '/# am--include-marker/d' Makefile         | make -f - am--depfiles
MUNGE_CPPFLAGS=''
MUNGE_DIR=''
MUNGE_LDFLAGS=''
MUNGE_LIBS=''
WITH_MUNGE_FALSE=''
WITH_MUNGE_TRUE='#'

makeコマンドによるslurmのコンパイルとインストール

command
make
command
sudo make install

Slurmの設定

slurm.conf の作成

Slurm Version 20.11 Configuration Tool - Easy Version のページから、slurm.confの雛形を作成してみましょう。

作成した雛形を、 /usr/local/etc/slurm.conf に保存します。

command
sudo vi /usr/local/etc/slurm.conf
内容
# slurm.conf file generated by configurator easy.html.
# Put this file on all nodes of your cluster.
# See the slurm.conf man page for more information.
#
SlurmctldHost=ip-10-0-0-87
#
#MailProg=/bin/mail
MpiDefault=none
#MpiParams=ports=#-#
ProctrackType=proctrack/pgid
ReturnToService=1
SlurmctldPidFile=/var/run/slurmctld.pid
#SlurmctldPort=6817
SlurmdPidFile=/var/run/slurmd.pid
#SlurmdPort=6818
SlurmdSpoolDir=/var/spool/slurmd
SlurmUser=root
#SlurmdUser=root
StateSaveLocation=/var/spool
SwitchType=switch/none
TaskPlugin=task/none
#
#
# TIMERS
#KillWait=30
#MinJobAge=300
#SlurmctldTimeout=120
#SlurmdTimeout=300
#
#
# SCHEDULING
SchedulerType=sched/backfill
SelectType=select/cons_tres
SelectTypeParameters=CR_Core
#
#
# LOGGING AND ACCOUNTING
AccountingStorageType=accounting_storage/none
ClusterName=cluster
#JobAcctGatherFrequency=30
JobAcctGatherType=jobacct_gather/none
#SlurmctldDebug=info
#SlurmctldLogFile=
#SlurmdDebug=info
#SlurmdLogFile=
#
#
# COMPUTE NODES
NodeName=ip-10-0-0-87 NodeAddr=10.0.0.87 CPUs=1 State=UNKNOWN
PartitionName=debug Nodes=ip-10-0-0-87 Default=YES MaxTime=INFINITE State=UP

slurmctld, slurmdの起動

先程、展開したslurmのパッケージの中に、etc/ のディレクトリーがあります。slurmをデーモン化するための設定ファイルがあるので、これを /etc/systemd/system/ 以下に保存します。

もし、展開したパッケージの中にいない場合は、下記を実行してください。

command
cd $HOME/slurm-20.11.5

ファイルをコピーします。

command
sudo cp etc/slurmctld.service /etc/systemd/system
sudo cp etc/slurmd.service /etc/systemd/system

Slurmを起動します。

command
sudo systemctl start slurmctld slurmd

Slurmが正しく確認したかどうかを調べます。ステータスが active (running) であることを確認してください。

command
sudo systemctl status slurmctld slurmd
response
● slurmctld.service - Slurm controller daemon
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/slurmctld.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Sun 2021-03-28 05:41:24 UTC; 5s ago
   Main PID: 92967 (slurmctld)
      Tasks: 7 (limit: 1160)
     Memory: 1.6M
     CGroup: /system.slice/slurmctld.service
             └─92967 /usr/local/sbin/slurmctld -D

Mar 28 05:41:24 ip-10-0-0-87 systemd[1]: Started Slurm controller daemon.

● slurmd.service - Slurm node daemon
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/slurmd.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Sun 2021-03-28 05:41:24 UTC; 5s ago
   Main PID: 92968 (slurmd)
      Tasks: 1 (limit: 1160)
     Memory: 1.1M
     CGroup: /system.slice/slurmd.service
             └─92968 /usr/local/sbin/slurmd -D

Mar 28 05:41:24 ip-10-0-0-87 systemd[1]: Started Slurm node daemon.

動作確認

command
$ sinfo -s
PARTITION AVAIL  TIMELIMIT   NODES(A/I/O/T) NODELIST
debug*       up   infinite          0/1/0/1 ip-10-0-0-87
command
$ srun -N 1 -n 1 hostname
ip-10-0-0-87
command
$ sbatch <<EOF
#!/bin/sh
#SBATCH -p debug
#SBATCH --job-name="test"
sleep 60
EOF
Submitted batch job 3

$ squeue
             JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
                 3     debug     test   ubuntu  R       0:19      1 ip-10-0-0-87

付録

遭遇したエラーのメモ

libmunge-dev のインストールし忘れで発生しました。

ubuntu@ip-10-0-0-87:~/slurm-20.11.5$ sudo systemctl status slurmctld slurmd
● slurmctld.service - Slurm controller daemon
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/slurmctld.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: failed (Result: exit-code) since Sun 2021-03-28 05:21:42 UTC; 6s ago
    Process: 44026 ExecStart=/usr/local/sbin/slurmctld -D $SLURMCTLD_OPTIONS (code=exited, status=1/FAILURE)
   Main PID: 44026 (code=exited, status=1/FAILURE)

Mar 28 05:21:42 ip-10-0-0-87 systemd[1]: Started Slurm controller daemon.
Mar 28 05:21:42 ip-10-0-0-87 systemd[1]: slurmctld.service: Main process exited, code=exited, status=1/FAILURE
Mar 28 05:21:42 ip-10-0-0-87 systemd[1]: slurmctld.service: Failed with result 'exit-code'.

● slurmd.service - Slurm node daemon
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/slurmd.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: failed (Result: exit-code) since Sun 2021-03-28 05:21:42 UTC; 6s ago
    Process: 44027 ExecStart=/usr/local/sbin/slurmd -D $SLURMD_OPTIONS (code=exited, status=1/FAILURE)
   Main PID: 44027 (code=exited, status=1/FAILURE)

Mar 28 05:21:42 ip-10-0-0-87 systemd[1]: Started Slurm node daemon.
Mar 28 05:21:42 ip-10-0-0-87 systemd[1]: slurmd.service: Main process exited, code=exited, status=1/FAILURE
Mar 28 05:21:42 ip-10-0-0-87 systemd[1]: slurmd.service: Failed with result 'exit-code'.

ubuntu@ip-10-0-0-87:~/slurm-20.11.5$ sudo /usr/local/sbin/slurmctld -D $SLURMCTLD_OPTIONS
slurmctld: error: High latency for 1000 calls to gettimeofday(): 552 microseconds
slurmctld: error: Configured MailProg is invalid
slurmctld: slurmctld version 20.11.5 started on cluster cluster
slurmctld: error: Couldn't find the specified plugin name for cred/munge looking at all files
slurmctld: error: cannot find cred plugin for cred/munge
slurmctld: error: cannot create cred context for cred/munge
slurmctld: fatal: slurm_cred_creator_ctx_create((null)): Operation not permitted
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